ปัญหาใหญ่สำหรับองค์กรก็คือไวรัส โดยเฉพาะไวรัสที่มากับอีเมล์ที่ทำให้เสียเวลาในการบริหารจัดการงานต่าง ๆ เมื่อไม่มีการจัดการกับไวรัสเหล่านี้ หรือบางครั้งเราไม่ได้ตรวจสอบ ไวรัสก็จะเข้ามาทำลายระบบข้อมูลต่าง ๆ ทำให้เกิดความเสียมากมาย  ภายหลังจึงต้องมีการจัดเก็บข้อมูลไว้เป็นback up ไว้ด้วย

     การลงทุนด้านไอที ต้องลงทุนค่อนข้างสูงจึงเป็นปัญหาใหญ่สำหรับองค์กรเล็ก