ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวอานันทมหิดล มีพระราชบัญญัติจัดตั้งเทศบาลนครกรุงเทพ และเทศบาลนครธนบุรี ในปี พ.ศ.2479 ต่อมาในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช ในปี พ.ศ.2514 จึงมีประกาศคณะปฏิวัติให้รวมจังหวัดพระนครและจังหวัดธนบุรีกลับเข้าไว้ด้วยกันเป็นจังหวัดเดียว และเรียกว่า นครหลวงกรุงเทพธนบุรี และในปี พ.ศ.2515 จึงให้เรียกว่า กรุงเทพมหานคร และจัดแบ่งเป็นเขตการปกครอง 24 เขต เมื่อประชากรหนาแน่นขึ้นก็มีการแบ่งเขตการปกครองเพิ่มขึ้นเรื่อยมาเพื่อให้สามารถดูแลและบริการประชาชนได้อย่างมีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น
จากเอกสารบรรยายสรุปของสํานักงานเขตบางขุนเทียนระบุว่า เดิมเป็นอําเภอบางขุนเทียน ได้ก่อตั้งมาเป็นเวลานานกว่า 100 กว่าปีเศษ สันนิษฐานว่าตั้งครั้งแรกในราวปีพ.ศ.2410 แรกเริ่มมีผู้เล่ากันว่าใช้เรือต่อจอดเป็นที่ทําการ จอดอยู่ประจําอยู่บริเวณปากคลองหัวกระบือ ตําบลท่าข้าม ต่อมาได้ขึ้นจากเรือมาอยู่บนบกเรียกว่า “ อําเภอหัวกระบือ” ต่อมาในปี พ.ศ.2437 ได้ย้ายที่ทําการไปตั้งที่บริเวณสามแยกคลองบางขุนเทียน หลักฐานที่เป็นเอกสารระหว่างที่พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ยังไม่ได้เสด็จกลับจากประภาสยุโรป สมเด็จพระนางเจ้าเสาวภาผ่องศรี พระบรมราชินีนาถ ซึ่งสําเร็จราชการแผ่นดินแทนพระองค์ได้ออกประกาศ “ พระราชกําหนดสุขาภิบาลกรุงเทพ” ในเดือนพฤศจิกายน 2440 ตั้งกรมสุขาภิบาลขึ้นอยู่กับกระทรวงนครบาล และในปีเดียวกันนั้นก็ออกกฎหมาย ฉบับหนึ่งมีชื่อว่า “ พระราชบัญญัติลักษณะปกครองท้องถิ่น ” เพื่อปฏิรูปการบริหารราชการแผ่นดินส่วนท้องถิ่นให้ดียิ่งขึ้น โดยแบ่งการปกครองออกเป็นอําเภอชั้นนอกและอําเภอชั้นใน ซึ่งในขณะนั้น “อําเภอศีรษะกระบือ ” เป็น 1 ใน 8 ของอําเภอชั้นนอก ต่อมาเมื่อพ.ศ. 2443 ได้มีหมายประกาศรับอาสาบัตรเล่นการมหรสพมณฑลกรุงเทพ ฯ เปลี่ยนชื่อ “อําเภอศีรษะกระบือ” เป็น อําเภอบางขุนเทียน ” เป็นอําเภอชั้นนอกตั้งที่ว่าการที่สามแยกบางขุนเทียนขึ้นตรงต่อมณฑลกรุงเทพ ฯใน พ.ศ.2452 บริษัทท่าจีนได้มาสร้างทางรถไฟผ่านบริเวณที่ตั้งอําเภอ ทําให้ต้องย้ายที่ทําการไปอยู่ริมทางรถไฟในที่ดินของวัดจอมทอง (วัดราชโอรส) ต่อมาในรัชสมัยพระบาทสมเด็จ พระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ปรับปรุงเขตการปกครองใหม่ใน พ.ศ.2458 ยกเลิก มณฑลกรุงเทพมหานคร และแบ่งเขตกรุงเทพมหานครออกเป็นจังหวัด คือฝั่งตะวันตกลําน้ำเจ้าพระยาเป็นจังหวัดธนบุรี ภายใต้การปกครองของกระทรวงนครบาลอําเภอบางขุนเทียน จึงขึ้นตรงกับจังหวัดธนบุรี จนกระทั่งมีการปกครองตามพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการกรุงเทพมหานคร พ.ศ.2518 อําเภอบางขุนเทียนจึงเปลี่ยนเป็น “ เขตบางขุนเทียน ”ต่อมา เขตบางขุนเทียน ได้มีการแบ่งพื้นที่บางส่วนออกเป็นสํานักงานเขตบางขุนเทียน สาขา1 เปิดที่ทําการเมื่อวันที่ 28 เมษายน พ.ศ. 2532 โดยใช้อาคารเรียนของโรงเรียนวัดมงคลวราราม เลขที่ 68ถนนจอมทอง แขวงบางค้อ เขตจอมทอง กรุงเทพมหานคร เป็นที่ตั้งสํานักงานเขตบางขุนเทียน สาขา 1 โดยแบ่งหน้าที่ความรับผิดชอบจากสํานักงานเขตบางขุนเทียนมาดําเนินการเฉพาะเขตพื้นที่ เพื่อแบ่งเบาภาระของสํานักงานเขตบางขุนเทียน และเป็นการอํานวยความสะดวกให้กับประชาชน อีกอย่างหนึ่งเพื่อเป็นการยกฐานะเป็นสํานักงานเขตอย่างถาวรในอนาคต ต่อมาได้มีประกาศกระทรวงมหาดไทย ลงวันที่ 9 พฤศจิกายน 2532จัดตั้งสํานักงานเขตบางขุนเทียน สาขา 1 เป็นสํานักงานเขตจอมทองมีพื้นที่ในการปกครอง ดังนี้ แขวงบางค้อ แขวงบางขุนเทียน แขวงจอมทองและแขวงบางมดเขตจอมทอง เป็นเขตชั้นนอก พื้นที่สวนใหญ่เป็นพื้นที่ทางการเกษตร มีสวนผักและผลไม้ได้แก่สวนลิ้นจี่ มะพร้าว ส้ม ชมพู่ กล้วย คําว่าจอมทอง มาจากชื่อเดิมของวัดราชโอรสารามวรวิหาร (วัดจอมทอง) ซึ่งเป็นวัดโบราณที่มีความสําคัญทางประวัติศาสตร์ และเห็นว่าวัดจอมทองเดิมเป็นสถานที่ที่พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 3 ทรงบูรณปฏิสังขรณ์ ต่อมาได้สถาปนาเป็นวัดประจํารัชกาลดังนั้นเขตจอมทองจึงได้นําชื่อของวัดจอมทอง มาตั้งเป็นชื่อเขตจอมทอง เพื่อความเป็นสิริมงคล3ปี พ.ศ.2540 กรุงเทพมหานคร ได้มีนโยบายที่จะแบ่งเขตที่มีอยู่เดิม 36 เขต ออกเป็น 50เขต ซึ่งกระทรวงมหาดไทยได้ประกาศจัดตั้งสํานักงานเขตใหม่เพิ่มอีก 14 เขต สํานักงานเขตจอมทอง ได้รับพื้นที่เขตบางส่วนของแขวงบางปะกอก เขตราษฎร์บูรณะ และพื้นที่บางส่วนของแขวงบุคคโล เขตธนบุรี มาเป็นเขตพื้นที่ของเขตจอมทองตามประกาศวันที่ 14 ตุลาคม 2540ปีงบประมาณ 2537 สํานักงานเขตจอมทอง ได้รับงบประมาณให้สร้างอาคารที่ทําการถาวรวงเงินงบประมาณ 71,472,000.-บาท ซึ่งเป็นที่ราชพัสดุ บนเนื้อที่ 11 ไร่ 2 งาน 1 ตารางวา เริ่มทําสัญญาการก่อสร้างเมื่อวันที่ 7 เมษายน 2537 ประกอบด้วยอาคาร 5 ชั้น 1 หลัง อาคารเอนกประสงค์ 1 หลังอาคารเก็บพัสดุ 1 หลัง พร้อมท่อระบายน้ำทางเดิน ลานจอดรถและรั้วโดยรอบต่อมาเมื่อวันที่ 18 มีนาคม 2540 เวลา 10.29 น. ได้จัดให้มีพิธีเปิดอาคารสํานักงานเขตแห่งใหม่ โดยรองศาสตราจารย์ญาณเดช ทองสิมา รองผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานคร เป็นประธานพิธีเปิดอาคารตั้งอยู่เลขที่ 55 หมู่ที่ 2 ถนนพระรามที่ 2 ซอย 3 แขวงบางมด เขตจอมทอง กรุงเทพมหานคร 10150ปัจจุบันเปลี่ยนเป็นเลขที่ 38 ถนนพระรามที่ 2 ซอย 3 แขวงบางมด เขตจอมทอง
