การจัดองค์การ เป็นหน้าที่ประการที่สองทางการบริหารที่ผู้บริหารต้องใส่ใจเพราะจะทำให้ทุกส่วนสามารถขับเคลื่อนภารกิจของหน่วยงานไปได้ การจัดองค์การที่ดีจะทำให้การทำงานราบรื่น โรงพยาบาลบ้านตากแบ่งโครงสร้างองค์การการบริหารองค์กรเป็น 3 กลุ่มภารกิจ ดังนี้
(1) กลุ่มภารกิจด้านอำนวยการ ประกอบด้วย
1.     กลุ่มงานบริหารทั่วไป ประกอบด้วย
-       งานบริหารทั่วไป ประกอบด้วยงานทั่วไป งานแผนงาน งานประเมินผล งานรักษาความปลอดภัย งานอาคารสถานที่
-       งานการเงินและบัญชี
-       งานธุรการ
-       งานการเจ้าหน้าที่
-       งานพัสดุ
-       งานยานพาหนะ
2.     กลุ่มงานสนับสนุนบริการและการเรียนรู้ ปัจจุบันเปลี่ยนชื่อเป็น กลุ่มงานยุทธศาสตร์และการพัฒนา  ประกอบด้วย
-       งานสุขศึกษาและประชาสัมพันธ์ ประกอบด้วยงานประชาสัมพันธ์ งานสุขศึกษา งานการตลาด งานเทคโนโลยีสารสนเทศ
-       งานประกันสุขภาพ
-       งานเวชระเบียนและสถิติ
-       งานส่งเสริมการเรียนรู้
(2) กลุ่มภารกิจด้านบริการ ประกอบด้วย
1.     กลุ่มงานบริการทางการแพทย์  ประกอบด้วย
-       งานเวชกรรมทั่วไป
-       งานทันตกรรม
-       งานการแพทย์แผนไทย
-       งานบริการสุขภาพจิต
2.     กลุ่มงานเทคนิคบริการ ประกอบด้วย
-       งานเภสัชกรรม
-       งานรังสีวิทยา
-       งานชันสูตร
-       งานเวชกรรมฟื้นฟู
3.     กลุ่มงานเวชปฏิบัติครอบครัวและชุมชน ประกอบด้วย
-       งานเวชปฏิบัติครอบครัว ดูแลทั้งในเขตที่ตั้งโรงพยาบาลและในเขตสถานีอนามัย เป็นการรวมงานชุมชนของฝ่ายสุขาภิบาลและป้องกันโรคและฝ่ายส่งเสริมสุขภาพเดิมเข้าด้วยกัน
-       งานบริการสุขภาพชุมชน ประกอบด้วยงานสุขาภิบาล งานระบาดวิทยา งานซ่อมบำรุง งานสวน
(3) กลุ่มภารกิจด้านการพยาบาล ประกอบด้วย
1.     กลุ่มการพยาบาล  ประกอบด้วย
-       งานผู้ป่วยนอก
-       งานอุบัติเหตุและฉุกเฉิน
-       งานห้องคลอด
-       งานห้องผ่าตัด
-       งานวิสัญญี
-       หอผู้ป่วยชาย
-       หอผู้ป่วยหญิง
-       งานดูแลสุขภาพที่บ้าน
-       งานพยาบาลผู้สูงอายุ
-       งานพยาบาลเด็ก
-       งานบริการหน่วยแพทย์ฉุกเฉิน
-       งานพยาบาลหญิงวัยเจริญพันธุ์
-       ศูนย์ตรวจสุขภาพ
-       ศูนย์เครื่องมือแพทย์
-       งานบริการอาหาร
-       งานหน่วยจ่ายกลางและซักฟอก
-       งานควบคุมโรคติดเชื้อในโรงพยาบาล

            จากข้อมูลดังกล่าว ทางโรงพยาบาลบ้านตากได้มีการปรับเปลี่ยนไปจากกรอบปกติของกระทรวงสาธารณสุขไปบ้างเพื่อรองรับกับงานและภารกิจที่โรงพยาบาลกำหนดขึ้น เช่น
-          งานการแพทย์แผนไทย การนวด การอบสมุนไพรโดยมีอายุรเวทและพนักงานนวดแผนไทยที่ผ่านการอบรมแล้ว  และจัดให้มีการผลิตสมุนไพรที่จำเป็นไว้ให้บริการในโรงพยาบาลและผู้สนใจ รวมทั้งสนับสนุนสถานีอนามัย โดยอาศัยวัตถุดิบจากชุมชน
-          งานเวชกรรมฟื้นฟู  บริการโดยนักกายภาพบำบัดและเจ้าพนักงานเวชกรรมฟื้นฟู โดยแรกเริ่มจ้างจากเงินบริจาคของกองทุนพัฒนาโรงพยาบาลบ้านตาก ต่อมาจ้างจากเงินบำรุงโรงพยาบาล
-          งานประกันสุขภาพ เพื่อรวบรวมงานที่เกี่ยวกับสิทธิประกันด้านการรักษาพยาบาลทุกประเภทเพื่อให้ง่ายต่อการจัดเก็บข้อมูลและการบริการผู้ป่วย จัดตั้งงานสังคมสงเคราะห์เพื่อดูแลผู้ป่วยยากจนที่ไม่มีสิทธิบัตรหรือไม่สามารถจ่ายค่ารักษาพยาบาลได้
-          ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศขึ้นเพื่อดูแลระบบสารสนเทศแลคอมพิวเตอร์เป็นการเฉพาะ พัฒนาระบบสารสนเทศและนำระบบ LAN เข้ามาใช้ พัฒนาบุคลากรให้สามารถใช้คอมพิวเตอร์ในการปฏิบัติงาน จัดทำศูนย์สารสนเทศ Online ในโรงพยาบาล,การจัดทำวาระการประชุมในรูปElectronic FileและนำระบบHospital Osมาใช้ในระบบบริการผู้ป่วย จัดอบรมเจ้าหน้าที่ให้สามารถใช้คอมพิวเตอร์ได้
-          งานสุขศึกษาและประชาสัมพันธ์เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการให้สุขศึกษาที่เป็นระบบและการประชาสัมพันธ์ภาพลักษณ์ของโรงพยาบาลและประชาสัมพันธ์เผยแพร่กิจกรรมของโรงพยาบาล ริเริ่มให้มีการจัดทำจดหมายข่าวโรงพยาบาลบ้านตาก การเผยแพร่ข่าวสารและความรู้ด้านสุขภาพของโรงพยาบาลทางหนังสือพิมพ์และวิทยุ
-          งานบริการสุขภาพจิตเพื่อมาดูแลทางด้านสุขภาพจิต,การให้คำปรึกษาและบำบัดสารเสพติด จัดให้มีทีมบำบัดสารเสพติดของอำเภอร่วมกับสถานีอนามัย มีผลงานบำบัดผู้ติดสารเสพติดสูงที่สุดในจังหวัดในช่วง 4 เดือนแรกของปีงบประมาณ 2546
-          งานส่งเสริมการเรียนรู้ เพื่อดูแลในเรื่องการจัดวิชาการเสริมความรู้ให้แก่เจ้าหน้าที่,การพัฒนาบุคลากร,การศึกษาต่อ,การรับนักศึกษาฝึกงานและการพัฒนาคุณภาพโรงพยาบาล

             และในปี 2548 ได้มีการเพิ่มงานขึ้นมาอีกได้แก่ศูนย์ตรวจสุขภาพ (เดิมอยู่กับงานประกันสุขภาพ แล้วมาที่งานสุขศึกษาและประชาสัมพันธ์ ล่าสุดปรับมาที่กลุ่มการพยาบาล) งานพยาบาลผู้สูงอายุ (ที่จะมีการฟื้นฟูสุขภาพผู้สูงอายุแบบDay care) งานพยาบาลเด็ก (มีการฟื้นฟูสุขภาพและพัฒนาการเด็กทั้งเด็กพิการและเด็กปกติ) งานพยาบาลสตรีวัยเจริญพันธุ์ (ดูแลให้คำปรึกษาแก่สตรีวัยเจริญพันธุ์ สตรีที่มีปัญหา) โดยการมีผู้รับผิดชอบหลัก 1 คนและมีทีมงานสหสาขาวิชาชีพมาช่วยดูแล