Mitochondria
นาย สุคนธ์ ประดุจกาญจนา

CE18: เมื่อไรจะต้องทำ DyeSet กันสักที ?


    การ set  DyeSet ดูเหมือนจะเป็นหน้าที่ของช่าง ก็เริ่มตั้งแต่การติดตั้งเครื่องมือ คุณปรีดา หรือช่างของ LifeTech ก็จะต้องเป็นคนจัดการ set DyeSet ซึ่งจะมีอยู่หลายตัว สำหรับงานด้าน Fragment analysis ก็ยังมี DyeSet อีกหลายตัวเช่นเดียวกัน ก็ว่ากันเป็นงานๆ ก็แล้วกัน 

     งานด้าน Fragment analysis ที่ใช้น้ำยา Identifiler, หรือจะ Identifiler Plus หรือจะเป็น YFiler ก็ตาม งานเหล่านี้ หากใช้เครื่องในตระกูล 3130 จะใช้ DyeSet G5  ซึ่งจะเป็น DyeSet ที่มีสี 5 สี ได้แก่ FAM6, VIC, NED, TET และ LIZ  ซึ่งในกลุ่มนี้ จะถูกบังคับว่า สามารถใช้วัดสี fluorescence ได้ 4 สี และถูกบังคับสำรองสีส้ม (LIZ) ไว้เป็น internal size standard

     งานด้าน Fragment analysis หลายๆงาน จะใช้ได้ 5 สีเหมือนกัน แต่สีที่เป็น internal size standard จะเป็นสีแดง ซึ่งจะเป็นสีของ ROX งานเหล่านี้ ก็จะใช้ DyeSet F

     งานด้าน sequencing ที่ใช้ น้ำยา BigDye terminator v. 1.1 จะใช้ DyeSet E  แต่ถ้าหากใช้น้ำยา BigDye terminator v 3.1 จะใช้ DyeSet Z

     สำหรับน้ำยา dRhodamine terminator ซึ่งเป็นน้ำยาสำหรับทำ sequencing .กรณีที่มีเบสพวก homopoly เยอะๆ จะใช้ DyeSet E เช่นเดียวกับน้ำยา BigDye Terminator v 1.1 ครับ

     เจ้าน้ำยา DyeSet นี้ มีหน้าที่ในการเป็นตัวคำนวณว่า แสงฟลูออเรสเซนต์สีต่างๆ มีการ crosstalk ข้าม channel กันมากน้อยเพียงใด แล้วค่าที่คำนวณได้จากเจ้า DyeSet นี่แหละ จะเป็นตัวตัดสัญญาณ การ crosstalk ข้าม channel ของสีต่างๆ ทำให้สุดท้่าย เราจะได้สัญญาณฟลูออเรสเซนต์ที่สวยงาม ไม่มี pull up และ pull down peak
    อ้าว! ก็ DyeSet นี้ ช่างเป็นคนจัดการ เราก็ไม่ต้องทำอะไรแล้วสิ

     อาจจะไม่ถูกต้องครับ เพราะช่าง มาจัดการให้เราตอนติดตั้งเครื่อง แต่หลังจากนั้น เมื่อเราใช้งานไปสักพัก พวกแสง laser จะมีความเข้ม ของแสงเปลี่ยนแปลงไป ซึ่งจะมีผลให้การตัดสัญญาณรบกวนของ DyeSet เปลี่ยนแปลงไป สุดท้ายคือ DyeSet ที่ใช้งานอยู่อาจไม่สามารถตัดสัญญาณสีฟลูออเรสเซนต์ที่ crosstalk ข้าม channel ได้หมด จึงเป็นที่มาของ pull up และ pull down peak ซึ่งนั่นหมายความถึง ได้เวลาในการ set DyeSet ใหม่แล้วครับ

     จากภาพข้างล่างนี้ เป็น electropherogram จากการทำ Fragment analysis ปรกติ จะพบว่า ที่ peak สีน้ำเงิน ขึ้น จะมี peak สีเขียว เป็น pull up peak ขึ้นมาด้วย (ดังภาพ)  หรือ peak สีเขียว จะมี peak สีเหลือง ขึ้นมาด้วยที่ตำแหน่งตรงกันเสมอ (ดังภาพและเกิดขึ้นกับทุกสี) ซึ่งปรากฎการณ์นี้ จะไม่เห็น off-scale peak ที่เป็นแถบสีชมพูเลย หลายๆครั้ง ในบางตัวอย่างตรวจ บางท่านอาจคิดว่า เป็นตัวอย่าง mixed profile ได้เหมือนกันครับ

     อาการดังภาพข้างบนนี้ เป็นสัญญาณบอกให้รู้ว่า ได้เวลา ทำ DyeSet ใหม่แล้วครับ  ซึ่งจะเรียกใช้บริการของ LifeTech ตามช่างมาช่วยทำให้ หรือจะลองทำเองก็ได้ ไม่ใช่เรื่องยากเลย  หากไม่แน่ใจสามารถสอบถามรายละเอียดเพิ่มเติมจาก specialist อย่างน้องบอล หรือน้องป๊อบ ก็ได้ครับ  ซึ่งหลังจาก Set DyeSet ใหม่แล้ว อาการนี้จะหายไปเป็นปลิดทิ้งครับ นั่นหมายความว่า ผลที่เป็น true peak ยังมีอยู่เหมือนเดิม แต่พวกที่เป็น pull up หรือ pull down peak จะหายไปครับ

หมายเลขบันทึก: 573815เขียนเมื่อ 4 สิงหาคม 2014 15:46 น. ()แก้ไขเมื่อ 4 สิงหาคม 2014 15:52 น. ()สัญญาอนุญาต: ครีเอทีฟคอมมอนส์แบบ แสดงที่มา-ไม่ใช้เพื่อการค้า-ไม่ดัดแปลง


ความเห็น (0)

ไม่มีความเห็น

อนุญาตให้แสดงความเห็นได้เฉพาะสมาชิก
พบปัญหาการใช้งานกรุณาแจ้ง LINE ID @gotoknow
ขอแนะนำ ClassStart
ระบบจัดการการเรียนการสอนผ่านอินเทอร์เน็ต
ทั้งเว็บทั้งแอปใช้งานฟรี