CaseStudy14: สัปดาห์ allele dropout แห่งชาติ

     สัปดาห์นี้ ไม่รู้ว่าเกิดอะไรขึ้น เจอกรณี allele dropout ถึง 2 case ด้วยกัน วันนี้ก็เลยเอามาให้ดูอีก case หนึ่ง คราวนี้เป็นการตรวจพ่อ-ลูกชาย แล้วตำแหน่งที่เกิด allele dropout คือตำแหน่ง D19S433 ครับ

     รายนี้ เริ่มต้นด้วยการสกัดดีเอ็นเอจาก EDTA blood ด้วยวิธี chelex extraction จากนั้นนำมาเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอด้วยน้ำยา Identifiler ธรรมดาครับ ได้ผลรูปแบบดีเอ็นเอครบทุกตำแหน่ง แต่เมื่อนำมาเปรียบเทียบรูปแบบดีเอ็นเอระหว่างพ่อ-ลูก พบว่า เข้ากันไม่ได้ 1 ตำแหน่ง คือตำแหน่ง D19S433 ของพ่อเป็น 14, 14 ขณะที่ของลูกเป็น 13,13 รายนี้ ก็เลยย้อนกลับมาพิจารณา electropherogram อย่างละเอียด พบว่า ทั้งของพ่อและของลูก มีตุ่มเล็กๆ ที่ตำแหน่ง 16.2 แต่ความที่ถ้ากำหนดให้เป็น peak จริง จะพบว่า peak height ratio ต่างกันมากๆ

     เพราะฉะนั้น รายนี้ ความคาดหวังเบื้องต้น คือคิดว่า มีอัลลีล ที่ 16.2 ครับ เพียงแต่ peak height ratio ต่างกันมากเกิน ผมไม่คิดว่า รายนี้จะเป็นกรณีที่เกิด mutation ครับ ก็เลย ทำซ้ำใหม่อีกครั้ง โดยใช้น้ำยา Identifiler Plus ครับ และไม่ได้เติมน้ำยาเทวดา PSU Enhancer ครับ ทำ PCR 29 รอบ ปกติ ได้ผลดังภาพข้างล่างนี้ครับ

     คราวนี้ ที่ตำแหน่ง D19S433 พบว่ามี อัลลีล 16.2 สวยงามทั้งสองรายครับ ก็เลยมาถึงคำถามว่า เกิดอะไรขึ้นกับการทดสอบ autosomal STR ทำไมจึงเกิด allele dropout ติดๆกัน ถึง สองราย ในสัปดาห์เดียวกัน และทั้งสองรายนี้ ไม่ได้เกิดจากปริมาณดีเอ็นเอน้อยเกินไป (low copy number) หรือ มี PCR inhibitor อยู่ในปฏิกิริยา เพราะตำแหน่งอื่นๆ ก็ขึ้นได้ตามปกติ เมื่อทดสอบด้วยน้ำยาอีกชนิดหนึ่ง (แม้ว่าจะใช้ primer คู่เดิม) พบว่า สามารถตรวจพบ อัลลีลที่หายไปได้ครับ

     ผมยังอธิบายปรากฎการณ์นี้ยังไม่ได้....ใครมีความคิดเห็นดีๆ ช่วงกันแบ่งปันด้วยครับ