อันเนื่องมาจาก InterlabComparison2: ปัญหาของการตรวจวิเคราะห์ mtDNA ตัวอย่าง PT2-2013
นี้เป็นตัวอย่างที่สองครับ เป็นตัวอย่าง PT2-2013 ทำการทดสอบเปรียบเทียบระหว่างห้องปฏิบัติการสำหรับตรวจวิเคราะห์ไมโตคอนเดรียทางนิติเวชศาสตร์ในห้องปฏิบัติการจำนวน 6 แห่ง ได้ผลดังภาพข้างล่างนี้ครับ
การเปรียบเทียบระหว่างห้องปฏิบัติการ สำหรับตัวอย่าง PT2-2013 มีปัญหาเกิดขึ้น 2 ประการด้วยกันครับ ได้แก่
1. ปัญหาการอ่านผลการทดสอบไม่ผ่าน C-stretch ของ HV2 เกิดขึ้นจำนวน 2 ห้องปฏิบัติการครับ ได้แก่ห้องปฏิบัติการ L06 และ L10
2. ปัญหาการบันทึกตำแหน่งที่แตกต่างจาก rCRS ได้แตกต่างกัน เกิดขึ้นในห้องปฏิบัติการ 4 แห่ง และคราวนี้เกิดขึ้น่ 2 บริเวณด้วยกันครับ
2.1 บริเวณ C-stretch ของ HV2 มีห้องปฏิบัติการ 4 แห่งที่วิเคราะห์ผลการทดสอบบริเวณนี้ ได้ผลดังภาพข้างล่างนี้ครับ ซึ่งว่าไปแล้ว ลำดับเบสแบบนี้ พบได้ค่อนข้างบ่อยครับ
คราวนี้มาดูวิธีการทำ alignment แบบที่ 1 ซึ่งพบในห้องปฏิบัติการ L01, L09 และ L13 ดังภาพข้างล่างนี้ครับ แล้วบันทึกตำแหน่งที่แตกต่างจาก rCRS ได้เป็น 309.1C, 315.1C
ส่วนแบบที่ 2 ห้องปฏิบัติการ L11 ทำการ alignment ได้ผลดังภาพข้างล่างนี้ครับ ก็เลยบันทึกเป็น 309.1C, 309.2T, 310C
อย่างที่บอกครับ ว่าลักษณะลำดับเบสแบบนี้บริเวณ HV2 นี้เกิดขึ้นบ่อยครับ เรียกว่า common เลยก็ได้ แล้วจากการบันทึกทั้งสองแบบนี้ การบันทึกแบบที่ 1 เป็นวิธีการบันทึกที่ถูกต้องครับ
2.2 บริเวณ 305-307 บริเวณนี้เป็นการเรียงตัวของเบส A ติดกัน 3 ตัว แล้วในตัวอย่าง PT2-2013 นี้พบว่ามีการขาดหายไปของเบส A 1 ตัว (deletion) ว่าไปแล้ว ผลการตรวจวิเคราะห์ลำดับเบสบริเวณนี้่ เป็นดังภาพข้างล่างนี้ครับ
ห้องปฏิบัติการส่วนใหญ่ (5 แห่ง) ทำการ alignment ลำดับเบสบริเวณนี้ ได้ดังภาพข้างล่างครับ จึงบันทึกตำแหน่งที่แตกต่างจาก rCRS เป็น 337D
ขณะที่มีห้องปฏิบัติการ 1 แห่ง ทำการ alignment ได้ดังภาพข้างล่างนี้ จึงบันทึกตำแหน่งที่แตกต่างจาก rCRS เป็น 336D
วิธีการบันทึกตำแหน่งที่แตกต่างจาก rCRS ที่ถูกต้องของลำดับเบสบริเวณนี้ คือการบันทึกตำแหน่ง 337D ครับ
เห็นหรือยังครับ แม้ว่าเราจะทำการตรวจวิเคราะห์ลำดับเบสได้ถูกต้องตรงกัน แต่เรายังมีปัญหาเรื่องการทำ alignment แล้วบันทึกตำแหน่งที่แตกต่างจาก rCRS ดังนั้น การอบรมเชิงปฏิบัติการที่ว่าด้วยเรื่องของการบันทึกความแตกต่างจาก rCRS จึงเป็นเรื่องสำคัญที่ควรต้องจัดขึ้นอย่างยิ่ง
ความเห็น (1)
เป็นงาน ....นิติเวชศาสตร์ในห้องปฏิบัติการ ....นะคะ .... ขอบคุณบันทึกดีดีนี้ค่ะ