ปัญหาของการพัฒนาหลักสูตร คือปัญหาที่เกิดขึ้นในกระบวนการยกระดับของหลักสูตรจากระดับที่เป็นขึ้นสู่อีกระดับหนึ่ง ปัญหาอันเกิดจากการร่วมคิดร่วมทำ ร่วมกันสร้างหลักสูตร และร่วมกันนำหลักสูตรไปใช้ มีดังนี้
1. ปัญหาขาดครูที่มีคุณสมบัติเหมาะสม
2. ปัญหาการไม่ยอมรับและไม่เปลี่ยนแปลงบทบาทการสอนของครูตามแนวหลักสูตร
3. ปัญหาการจัดอบรมครู
4. ศูนย์การพัฒนาหลักสูตร ไม่เข้าใจบทบาทหน้าที่ของตน
5. ขาดการประสานงานที่ดีระหว่างหน่วยงานต่าง ๆ
6. ผู้บริหารต่าง ๆ ไม่สนใจเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงหลักสูตร
7. ปัญหาขาดแคลนเอกสาร เนื่องจากขาดงบประมาณและการคมนาคมขนส่งไม่มีประสิทธิภาพพอ
