ฝ่ายพระยาบำรุงบุระประจันต์  ( จันดี ) ข้าหลวงกำกับบริเวณเมืองขุขันธ์  เห็นว่ากลุ่มกบฎท้าวบุญจันทร์มีกำลังมากเกินกว่ากองกำลังของเมืองขุขันธ์จะปราบปรามได้  อีกทั้งกองทหารเมืองขุขันธ์

ยังเกรงใจและเกรงกลัวในบารมีของท้าวบุญจันทร์อยู่จึงได้ทูลขอกองกำลังทหารจากส่วนกลาง  พระองค์ทรงโปรดเกล้าฯ  ตามขอกองกำลังจากส่วนกลางจำนวน  ๑๐๐  คน  จากกองทหารนครราชสีมาจำนวน  ๒๐๐  คน  โดยมอบให้ร้อยโทหวั่น  ร้อยตรีเจริญ  และร้อยตรีอิน  คุมกองทหารยกไปยังเมืองขุขันธ์  หยุดพักที่วัดไทยเทพนิมิตร  ร่วมวางแผนการปราบ  รุ่งเช้ายกพลนำกองทหารสู่เขาซำปีกา   ให้หลวงศิริสมบัติ ( คำสิงห์ )  กำนันตำบลกันตวด  ซึ่งเป็นผู้คุ้นเคยกับท้าวบุญจันทร์ให้ช่วยเหลือเกลี้ยกล่อม  แต่ไม่ได้ผล  เกิดการต่อสู้  ไพร่พลฝ่ายท้าวบุญจันทร์ถูกอาวุธปืนล้มตายเกือบหมดที่เหลือหลบหนีไป  ส่วนท้าวบุญจันทร์ได้เสียชีวิตในป่าที่สู้รบนั้น  กองทหารจึงได้นำศพออกมาแล้วตัดเอาศรีษะท้าวบุญจันทร์นำไปยังเมืองขุขันธ์  แห่ตระเวณรอบเมืองและเสียบศรีษะประจานที่ทางสี่แพร่งหน้าสถานีตำรวจภูธรอำเภอ        ขุขันธ์ในปัจจุบัน

ในช่วงเวลาใกล้เคียงกันนี้  เมืองขุขันธ์ได้ให้ท้าวทิต  ท้าวชู  กรมการเมืองออกไปรักษาเหตุการณ์อยู่ที่ด่านประสพเกิดขัดแย้งไม่ฟังการบังคับบัญชาจากเมืองขุขันธ์  เอาใจไปเข้าข้างฝ่ายฝรั่งเศสภายหลังเข้าตีเมืองมโนไพรได้  ในขณะที่ทางการไทยไม่สามารถจะปฏิบัติการใด ๆ ได้เลย 

ในเวลาต่อมาไทยต้องทำสัญญาให้เมืองมโนไพรตกเป็นของฝรั่งเศส  ในปี  พ.ศ.  2446  จากเหตุการณ์ที่ท้าวบุญจันทร์ถูกกล่าวหาว่าเป็นกบฎและถูกปราบปรามจนต้องเสียชีวิตและเลือดเนื้อในครั้งนี้  พระยาขุขันธ์ภักดีศรีนครลำดวน ( ท้าวปัญญา ขุขันธิน )  ผู้ว่าราชการเมืองขุขันธ์ไม่ได้รู้เห็นเป็นใจหรือสนับสนุนให้ท้าวบุญจันทร์กระทำการใด ๆ  แล้ว  แต่ยังได้ตักเตือนและห้ามปรามในท่าทีของท้าวบุญจันทร์ที่ได้แสดงออกถึงความไม่พอใจในแนวทางการปกครองของทางการ  โดยเฉพาะพระยาบำรุงบุระประจันต์        ( จันดี)  ข้าหลวงบริเวณขุขันธ์แต่หาทำให้ท้าวบุญจันทร์ล้มเลิกในการกระทำไม่  เพราะท้าวบุญจันทร์เชื่อในความถูกต้องทางความคิดและความศรัทธาของประชาชนที่มีต่อตนจนทำให้เหตุการณ์ต้องจบลงด้วยเลือดเนื้อและชีวิตดังกล่าวสร้างความเศร้าโศกเสียใจสร้างความสะเทือนใจต่อชาวขุขันธ์อย่างมาก  ดังนั้นจากเหตุการณ์ดังกล่าวจึงทำให้  พระยาขุขันธ์ภักดีศรีนครลำดวน ( ปัญญา  ขุขันธิน )   ในฐานะผู้ว่าราชการเมืองขุขันธ์และเป็นพี่ชายท้าวบุญจันทร์ต้องถูกเพ่งเล็งจากทางการส่วนกลางเป็นพิเศษแต่ก็ไม่ถึงกับกระทบต่อตำแหน่งหน้าที่ความเป็นผู้ว่าราชการเมืองแต่ประการใด  ยังคงได้รับความไว้วางใจ  โปรดเกล้าฯ  ให้ดำรงตำแหน่งผู้ว่าราชการเมืองขุขันธ์ต่อไป  จนถึงปี  พ.ศ.  ๒๔๕๐  เพราะทางส่วนกลางเห็นว่า ต้นเหตุของเหตุการณ์  ความขัดแย้งระหว่างท้าวบุญจันทร์กับพระยาบำรุงบุระประจันต์         ( จันดี )  ข้าหลวงบริเวณขุขันธ์มากกว่า 

 ปี  พ.ศ.  ๒๔๔๗  จากเหตุการณ์ที่กลุ่มท้าวบุญจันทร์ถูกกล่าวหาว่ากบฎ  และถูกปราบลงได้แล้วนั้นก็ยังสร้างความกังวลใจให้แก่ทางการอยู่อย่างมาก  เพราะยังมีกลุ่มท้าวบุญจันทร์หลงเหลืออยู่  ในปีนี้จึงมีการยุบอำเภอกันทรลักษ์ส่วนหนึ่งให้ไปรวมอำเภออุทุมพรพิสัยอีกส่วนหนึ่งให้ไปรวมกับอำเภอ     ห้วยเหนือ 

 ปี  พ.ศ.  ๒๔๔๘  ให้ย้ายที่ทำการอำเภอปจิมศรีสะเกษไปตั้งที่บ้านสำโรงใหญ่  ตำบลสำโรง  เรียกว่าอำเภอสำโรงใหญ่  และในปลายปีเดียวกันนี้  ได้ย้ายที่ทำการอำเภออุทัยศรีสะเกษ ไปตั้งที่บ้านหนองกก  ตำบลยาง 

จากแนวนโยบาย  สมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว  รัชกาลที่  ๕  ที่จะปรับปรุงรูปแบบการ

ปกครองแบบมณฑลเทศาภิบาลให้สมบูรณ์แบบ   พระองค์เห็นว่าดีและจะเหมาะสมที่สุดในยุคหัวเลี้ยวหัวต่อเพราะรูปแบบในการใช้อยู่นั้นการใช้อำนาจในการปกครองจากส่วนกลางสู่ส่วนภูมิภาคยังไม่สมบูรณ์แบบเบ็ดเสร็จเด็ดขาด  ทำให้การใช้อำนาจในการเก็บภาษีหารายได้เข้ารัฐเพื่อเป็นงบประมาณบริหารและพัฒนาประเทศยังไม่ดีพอ  นับว่าเป็นปัญหาการบริหารภายใน   

ส่วนอีกเหตุหนึ่งก็คือ  เป็นช่วงระยะที่ฝรั่งเศสมีอำนาจแผ่ขยายครอบคลุม  เขมร  ลาว  และญวน  ประเทศใกล้เคียงหมดแล้ว  อีกทั้งยังมีปัญหาการใช้อำนาจปกครองเหนือเมืองอยู่หลายเมืองที่ฝรั่งเศสต้องการขออำนาจปกครองจากไทย  และอีกเหตุผลประการที่  ๓  ก็คือ  ผลพวงจากการที่กลุ่ม               ท้าวบุญจันทร์ถูกกล่าวหาว่ากบฎและถูกปราบปรามแต่ยังมีลูกน้องผู้ศรัทธาต่อท้าวบุญจันทร์ยังหลงเหลืออยู่  เพื่อความปลอดภัยในความมั่นคงลดความตึงเครียด  และป้องกันอิทธิพลของฝรั่งเศสที่จะกระทบความมั่นคงของสยามประเทศ 

ปี  พ.ศ.  ๒๔๔๙  จึงได้มีบัญชาโปรดเกล้าฯ  ให้ย้ายที่ทำการศาลากลางเมืองขุขันธ์  ไปตั้ง              ณ  อำเภอกลางศรีสะเกษ  แต่ยังใช้ชื่อเดิม  คือ  ศาลากลางเมืองขุขันธ์  ส่วนเมืองขุขันธ์ ให้เปลี่ยนชื่อเป็น อำเภอ เรียกว่า “อำเภอห้วยเหนือ”   ขึ้นกับเมืองขุขันธ์

ปี  พ.ศ.  ๒๔๕๐  ทรงเห็นว่า  มณฑลอีสานมีอาณาเขตกว้างขวางมาก  เพื่อให้มีการปรับปรุงบ้านเมืองให้คล่องตัวจึงยุบมณฑลอีสานแบ่งเป็น  ๒  มณฑล  คือ  มณฑลอุบลราชธานี  และมณฑลร้อยเอ็ด   ทำให้เมืองขุขันธ์  เมืองเดชอุดม  และเมืองศรีสะเกษอยู่ในมณฑลอุบลราชธานี 

ในปี  พ.ศ. ๒๔๕๐ นี้เองได้มีการปรับปรุงเปลี่ยนแปลงอีกครั้ง โดยให้เมืองขุขันธ์  เมืองศรีสะเกษ  และเมืองเดชอุดม  รวมเรียกว่า  "บริเวณขุขันธ์ "  มีพระยาบำรุงบุระประจัน  ( จันดี ) เป็นข้าหลวงกำกับบริเวณ  โดยให้ยุบรวมทั้ง  ๓  เมืองเป็นเมืองเดียวกัน  ให้เรียกว่า  "เมืองขุขันธ์"  แต่ที่ทำการให้คงตั้งอยู่ที่อำเภอกลางศรีสะเกษ  ผลจากการวมเมืองทั้ง ๓  ในครั้งนี้  ทำให้เมืองศรีสะเกษ  และเมืองเดชอุดมต้องหมดสภาพความเป็นเมืองไปโดยปริยายแต่นั้นมา  จึงทำให้ยังคงมีชื่อเฉพาะเมือง   "ขุขันธ์" เท่านั้นส่วนอำเภอต่าง ๆ ที่เคยขึ้นกับเมืองศรีสะเกษและเดชอุดม ก็ให้ขึ้นต่อเมืองขุขันธ์ทั้งหมด  จากการเปลี่ยนแปลงครั้งนี้  เป็นการยกเลิกบริเวณ   เมืองขุขันธ์  ตำแหน่งข้าหลวงกำกับบริเวณก็ถูกยุบไปด้วย  ทำให้พระยาบำรุงบุระประจันต์  ( จันดี )ได้รับโปรดเกล้าฯ  ให้ดำรงตำแหน่ง "ผู้ว่าราชการเมือง   ขุขันธ์" แทน  พระยาขุขันธ์ภักดีศรีนครลำดวน   (ปัญญา  ขุขันธิน )  ซึ่งเป็นผู้ว่าราชการเมืองขุขันธ์ต้องสิ้นสุดลง  ดังที่ได้กล่าวมาแล้วว่าระหว่างพระยาบำรุงบุระประจันต์   (จันดี )  กับ  พระยาขุขันธ์ภักดีศรีนครลำดวน

 (ท้าวปัญญา ) มีศักดิ์ในฐานะพ่อตากับลูกเขย  เมื่อพระยาบำรุงบุระประจันต์  (จันดี )  ขึ้นสู่ตำแหน่ง

ผู้ว่าราชการเมืองขุขันธ์  จึงเสนอพระยาขุขันธ์ภักดีศรีนครลำดวน  (ปัญญา  ขุขันธิน )  ให้ดำรงตำแหน่งกรมการพิเศษเมืองขุขันธ์  และเป็นกรมการพิเศษจังหวัดขุขันธ์ในเวลาต่อมา  ( พ.ศ. ๒๔๕๐–๒๔๖๐)

 ปี  พ.ศ.  ๒๔๕๖  ถือเป็นปีที่ต้องจารึกในประวัติศาสตร์ประเทศไทยอีกบทหนึ่งเพราะคนในอดีตก่อน  ปี  พ.ศ.  ๒๔๕๖  ยังไม่มีนามสกุลใช้   พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว  ได้ออกพระราชบัญญัติขนานนามสกุล  คนไทยขึ้นในปี  พ.ศ.  ๒๔๕๖  จึงพระราชทานชื่อนามสกุลให้แก่ข้าราชบริพาร  เรียกว่า  "นามสกุล  พระราชทาน " 

 ปี พ.ศ.  ๒๔๕๖  ได้มีการปรับปรุงหน่วยปกครองทั้งประเทศ คือ ได้โปรดเกล้าฯ  ให้เปลี่ยนนาม

คำว่า  "เมือง"  เป็น  "จังหวัด"  ตำแหน่ง  "ผู้ว่าราชการเมือง"  เป็นตำแหน่ง  "ผู้ว่าราชการจังหวัด" 

เมืองขุขันธ์จึงได้เปลี่ยนเป็น  "จังหวัดขุขันธ์"  แต่ที่ตั้งศาลากลางจังหวัดขุขันธ์ยังคงตั้งอยู่  ณ  อำเภอกลางศรีสะเกษ  ตำแหน่ง  "ผู้ว่าราชการเมืองขุขันธ์"  เป็นตำแหน่ง  "ผู้ว่าราชการจังหวัดขุขันธ์ "  ดวงตรา

ไปรณียากร และตราประทับใช้ในราชการซึ่งเดิมมีอักษรโดยใช้ชื่อ "ขุขันธ์" (หมายความว่าจังหวัด

ขุขันธ์ ) 

ปี พ.ศ. ๒๔๕๖  นี้ ขณะนั้นเป็นสมัยที่  อ.ต. หม่อมเจ้าถูกถวิล  สุขสวัสดิ์  ดำรงตำแหน่งผู้ว่าราชการเมืองขุขันธ์  มีผู้ดำรงตำแหน่งประจำเมืองขุขันธ์  และจังหวัด ขุขันธ์  ในขณะนั้น ได้ขอพระราชทาน

นามสกุลพระราชทาน  สำหรับข้าราชบริพารประจำเมืองขุขันธ์  คือ 

๑.  นามสกุลลำดับที่  ๒๕๕๑   ผู้ขอพระราชทาน  คือ  รองอำมาตย์โท  ขุขันธ์เขต  โกษินทร์ ( เชื้อ)  ขณะที่ขอดำรงตำแหน่ง  พนักงานคลังจังหวัดขุขันธ์ ได้รับพระราชทานนามสกุลว่า"จุลรังษี" 

๒.นามสกุลลำดับที่  ๒๖๑๒  ผู้ขอพระราชทานคือ  รองอำมาตย์เอก  กิมเส็ง  ขณะที่ขอดำรงตำแหน่งผู้พิพากษาศาลจังหวัดขุขันธ์  ได้รับพระราชทานนามสกุลว่า  "กาญจนศิริ"

๓.นามสกุลลำดับที่  ๓๕๖๕  ผู้ขอพระราชทานคือ  อำมาตย์ตรีพระยาขุขันธ์ภักดีศรีนครลำดวน     ( ปัญญา )  เจ้าเมืองขุขันธ์ท่านที่  ๙  ผู้ว่าราชการเมืองขุขันธ์ท่านที่  ๑  ขณะที่ขอท่านดำรงตำแหน่งที่  ๓  คือ กรมการพิเศษเมืองขุขันธ์  ได้รับพระราชทานนามสกุลว่า  "ขุขันธิน"   

๔.นามสกุลลำดับที่  ๔๓๕๕  ผู้ขอพระราชทานคือ  นายหมู่ลูกเสือเอกสามัญ ( บุญทัน )    กิมเส็ง  ขณะที่ขอดำรงตำแหน่งครูประจำโรงเรียนขุขันธ์ ได้รับพระราชทานนามสกุลว่า  "ศิลาคุปต์"

๕.นามสกุลลำดับที่  ๔๗๘๓  ผู้ขอพระราชทานคือ อำมาตย์โทพระพิไชยราชวงษา ( บุญมี )    ขณะที่ขอดำรงตำแหน่งกรมการพิเศษจังหวัดขุขันธ์  ได้รับพระราชทานนามสกุลว่า              "ศรีอุทุมพร"

๖.นามสกุลลำดับที่  ๔๘๗๘  ผู้ขอพระราชทานคือ  รองอำมาตย์ตรี  ขุนเวชการบริรักษ์ ( ศรี )    ขณะที่ขอดำรงตำแหน่งแพทย์จังหวัดขุขันธ์  ได้รับพระราชทานนามสกุลว่า  "วรสุมันต์"

๗.นามสกุลลำดับที่  ๕๖๗๒  ผู้ขอพระราชทานคือ  นายร้อยตำรวจโท  ตาษ  ผู้บังคับกองตำรวจภูธร  ๓จังหวัดขุขันธ์  ได้รับพระราชทานนามสกุลว่า          "ถาวรเสถียร"

๘.นามสกุลลำดับที่  ๕๖๗๓  ผู้ขอพระราชทานคือ  นายร้อยตำรวจตรี  รุตน์  ตำแหน่งประจำกองตำรวจภูธร  ๓  จังหวัดขุขันธ์  ได้รับพระราชทานนามสกุลว่า  "กิติสัททานนท์"

   นามสกุลพระราชทานที่กล่าวถึงนี้  ปัจจุบันทายาทอาจจะไม่มีแล้วหรือมีอาจจะไปตั้งถิ่นฐานใหม่  ณ  ที่อื่น 

ปี  พ.ศ.  ๒๔๖๐  อำมาตย์ตรีพระยาขุขันธ์ภักดีศรีนครลำดวน   (ปัญญา ขุขันธิน) กรมการพิเศษจังหวัดขุขันธ์   สิ้นสุดในตำแหน่งจึงโปรดเกล้าฯแต่งตั้งให้  อำมาตย์โทพระพิไชยวงศา  (บุญมี )  ดำรงตำแหน่งกรมการพิเศษจังหวัดขุขันธ์สืบแทน  พระพิไชยวงศา (บุญมี )  เคยมีตำแหน่งเป็นพระพิไชย        ผู้ช่วยราชการเมืองขุขันธ์มาก่อน ได้รับพระราชทาน  นามสกุลว่า  "ศรีอุทุมพร"