ในที่สุดคณะกรรมการสิ่งแวดล้อมแห่งชาติ ที่ประชุมกันเมื่อวันที่ 16 มีนาคม 2552 ก็มีมติไม่ยื่นอุทธรณ์คำสั่งศาลปกครองระยอง ที่ให้ประกาศพื้นที่ อ.มาบตาพุด และ อ.บ้านฉาง จ.ระยอง เป็นเขตควบคุมมลพิษ โดยให้เหตุผลว่าการประกาศเขตควบคุมมลพิษเป็นกลไกสำคัญตามกฎหมายสิ่งแวดล้อม ทำให้การทำงานและการกำหนดมาตรฐานต่างๆ เป็นไปโดยมีกฎหมายรองรับชัดเจน และเป็นกระบวนการที่พื้นที่สามารถเข้ามามีส่วนร่วมได้ โดยการประกาศดังกล่าวจะมีผลใช้บังคับทันทีที่นายกรัฐมนตรีในฐานะประธาน กก.วล. ลงนามประกาศ
แต่ในประเด็นที่ศาลปกครองระยองตัดสินว่า กก.วล.ชุดก่อนละเลยการปฏิบัติหน้าที่ กรณีไม่ประกาศให้มาบตาพุดเป็นเขตควบคุมมลพิ ที่ประชุมมีมติให้อุทธรณ์ เพราะเห็นว่า กก.วล. ชุดก่อนนั้นได้ดำเนินการแก้ไขปัญหามาบตาพุดหลายเรื่อง ดังนั้น จึงจำเป็นต้องอุทธรณ์เพื่อยืนยันว่าไม่ได้ละเลย
ประเด็นเก็บตกจากการประชุมครั้งนี้ก็คือ นายอภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ นายกรัฐมนตรี ในฐานะประธานกรรมการสิ่งแวดล้อมแห่งชาติ มาเป็นประธานการประชุมด้วยตัวเอง ถือว่าเป็นนายกรัฐมนตรีคนแรกในรอบหลายปีที่มาทำหน้าที่ประธานกรรมการสิ่งแวดล้อมแห่งชาติ ด้วยตัวเอง สอดคล้องตามเจตนารมณ์ที่พ.ร.บ.ส่งเสริมและรักษาคุณภาพสิ่งแวดล้อมแห่งชาติ พ.ศ. 2535 บัญญัติไว้
ก่อนนี้ พ.ร.บ.ส่งเสริมและรักษาคุณภาพสิ่งแวดล้อมแห่งชาติ พ.ศ. 2518 ได้บัญญัติให้รองนายกรัฐมนตรีที่นายกฯมอบหมายมาเป็นประธาน กก.วล. แต่เนื่องจากเรื่องสิ่งแวดล้อมเกี่ยวข้องกับหลายกระทรวง เมื่อมีการแก้ไขกฎหมายเป็นฉบับปี 2535 จึงบัญญัติให้นายกรัฐมนตรีเป็นประธาน แต่กว่า 17 ปีที่ผ่านมามีนายกไม่กี่คนที่ให้ความสำคัญมาเป็นประธานด้วยตัวเอง
สมัยนายกฯทักษิณ ก็มอบหมายให้รองนายกฯจาตุรนต์ ฉายแสง มาเป็นประธาน กก.วล.
สมัยนายกฯสมัคร ก็มอบหมายให้รองนายกฯสหัส บัณฑิตกุล หรือบางครั้งที่รองนายกฯสหัสติดภารกิจ เจ๊เป้า อนงค์วรรณ เทพสุทินก็ทำหน้าที่แทน
สมัยนายกฯสมชาย ก็มอบหมายให้รองนายกฯสมพงษ์ อมรวิวัฒน์
การประชุมครั้งนี้จึงคึกคักเป็นพิเศษ ห้องประชุมแทบแตก ที่นั่งไม่เพียงพอ เพราะนอกจากจะมีการพิจารณาเรื่องฮิตฮอตแล้ว กรรมการชุดนี้ยังว่างเว้นจากการประชุมมานาน แต่ที่สำคัญสุดคือ นายกฯมาประชุมด้วยตัวเองนั่นเอง