แม้ว่ามหาวิทยาลัยขอนแก่นจะสั่งสมคุณภาพ และปริมาณของการเป็นมหาวิทยาลัยวิจัยได้ดีระดับหนึ่ง เช่น มีคณาจารย์ระดับปริญญาเอกอยู่ 41% มีศูนย์วิจัยเพื่อความเป็นเลิศ 15 ศูนย์ และจะเพิ่มขึ้นเรื่อยๆ  มีงบประมาณแผ่นดินประมาณ 2,500 ล้านบาท และงบประมาณเงินรายได้ประมาณ 2,000 ล้านบาทต่อปี  และได้งบวิจัยจากแหล่งเงินทุนภายนอกประมาณ 500 ล้านบาท (ในปี 2548) คณาจารย์เริ่มมีผลงานวิจัยเข้าสู่ระดับชาติและนานาชาติอย่างต่อเนื่องก็ตาม  อุปสรรคและข้อจำกัดของมหาวิทยาลัยก็มีไม่น้อยเช่นเดียวกัน  ได้แก่  โครงสร้างองค์กรที่มีขนาดใหญ่ตามระบบราชการที่ปรับเปลี่ยนได้ยาก  การทำงานยังยึดติดกับระบบภายในสาขาวิชาและมีกำแพงระหว่างสาขาวิชาและกลุ่มงานมาก  ผังแม่บทการใช้พื้นที่ของมหาวิทยาลัยใช้ไม่ค่อยได้ผลทำให้การขยายตัวของอาคารและการใช้ประโยชน์จากอาคารสถานที่ไม่มีประสิทธิภาพเท่าที่ควร  การที่มีจำนวนบุคลากรจำนวนมาก และหลากหลายตามกลุ่มประเภทบุคลากรทำให้ยากต่อการชี้แจงทำความเข้าใจหรือเห็นจุดเป้าหมายเดียวกัน  การอ่อนด้อยเรื่องระบบประชาสัมพันธ์และการสื่อสารองค์กร  แผนพัฒนาของมหาวิทยาลัยในแต่ละยุคสมัยปรับเปลี่ยนบ่อยตามผู้บริหารทำให้ขาดความต่อเนื่อง และระบบการสรรหา ตลอดจนการได้มาซึ่งผู้บริหารในอดีตก่อให้เกิดความขัดแย้งสูงและบางครั้งบานปลายสู่ความรุนแรง ก่อให้เกิดภาพพจน์ที่ไม่ดีต่อมหาวิทยาลัย  สิ่งเหล่านี้เป็นบทเรียนที่สำคัญสำหรับชาวมหาวิทยาลัยขอนแก่นในปัจจุบันพึงสังวรณ์และศึกษาบทเรียนจากอดีตเพื่อไม่ให้ซ้ำรอยเดิมอีก