สมัยเป็นอำเภอมุกดาหาร

ได้มีการปรับปรุงการปกครองในมณฑลอุดรเป็นจังหวัดและอำเภอใน พ.ศ. ๒๔๕๐ เมืองมุกดาหารถูกยุบลงเป็นอำเภอมุกดาหาร เมืองหนองสูงย้ายไปตั้งอยู่ที่บ้านนาแก เมืองพาลุกากรภูมิยุบลงเป็นตำบลบ้านหว้าน เมืองเรณูนครยุบลงเป็นตำบลเรณูนคร ตั้งอำเภอธาตุพนมขึ้นแทน ขึ้นจังหวัดนครพนม

เปิดที่ทำการอำเภอมุกดาหาร เมื่อวันที่ ๑ ตุลาคม พ.ศ. ๒๔๕๐ ผู้มาดำรงตำแหน่งนายอำเภอมุกดาหารคนแรก คือ หลวงทรงสราวุธ (เจิม วิเศษรัตน์) ภายหลังเลื่อนขึ้นเป็นพระบริหาราชอาณาเขต (เมื่อย้ายไปเป็นปลัดหนองคาย) ต่อมาภายหลังเลื่อนขึ้นเป็นพระยาสมุทรศักดารักษ์ (เมื่อย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้ว่าราชการเมืองสมุทรสงคราม) ท่านได้กลับมาดำรงตำแหน่งผู้ว่าราชการจังหวัดนครพนม อีกครั้งสุดท้าย

เมื่อมีการตั้งจังหวัดและอำเภอขึ้นแล้ว ได้มีการตั้งกรมการพิเศษจังหวัดนครพนมขึ้นผู้ที่เป็นกรมการพิเศษส่วนมากเป็นเจ้าเมืองและผู้ว่าราชการเมืองเก่า ๆ คือ

๑. พระยาศศิวงษ์ (เมฆ ประวัติ) เมืองมุกดาหาร

๒. พระพินิจพนมการ (ทองคำ) เมืองนครพนม

๓. พระพิทักษ์พนมนคร (โก๊ะ) เมืองนครพนม

๔. พระศรีวรราช (แก้ว) เมืองท่าอุเทน

๕. พระอารัญอาษา (ปาน) เมืองกุสุมาลย์

๖. พระพินิจพจนกรณ์ (ทอนแก้ว)

๗. หลวงพิทักษ์ประชาชน (ตูม)

๘. หลวงสรรพกิจบริหาร (คำวัง)

ต่อมาปี พ.ศ. ๒๕๒๕ ได้มีพระราชบัญญัติจัดตั้งจังหวัดมุกดาหาร พ.ศ. ๒๕๒๕ ประกาศใน ราชกิจจานุเบกษาฉบับพิเศษเล่ม ๙๙ ตอนที่ ๑๒๑ ลงวันที่ ๒๗ สิงหาคม ๒๕๒๕ ยกฐานอำเภอมุกดาหารขึ้นเป็นจังหวัด ตั้งแต่วันที่ ๒๗ กันยายน ๒๕๒๕ เป็นต้นไป โดยให้แยกอำเภอมุกดาหาร อำเภอคำชะอี อำเภอดอนตาล อำเภอนิคมคำสร้อย กิ่งอำเภอดงหลวง และกิ่งอำเภอหว้านใหญ่ ออกจากการปกครองของจังหวัดนครพนม รวมตั้งขึ้นเป็นจังหวัดมุกดาหาร

ที่มา : ประวัติมหาดไทยส่วนภูมิภาคจังหวัดมุกดาหาร. ขอนแก่น : โรงพิมพ์ศิริภัณฑ์ออฟเซ็ท, ๒๕๒๙.