หลังจากจัดการปกครองแบบเทศาภิบาลผ่านไป ๓ ปี ปัญหาต่างๆ ก็ตามมา เนื่องจากความไม่พอใจของราษฎรและเจ้านายเมืองเหนือผู้เสียอำนาจและผลประโยชน์และปัญหาการขาดแคลนข้าราชการที่มีความรู้ความสามารถในทุกระดับ โดยเฉพาะตำแหน่งนายแขวง (นายอำเภอ) ซึ่งรัฐบาลกำหนดว่าต้องเป็นข้าราชการจากส่วนกลางนั้นมีจำนวนน้อยมาก ดังนั้นแต่ละแขวงที่จัดตั้งขึ้นจึงมีพื้นที่กว้างขวางมาก ทั้งการคมนาคมก็ยากลำบากนายแขวงจึงดูแลไม่ทั่วถึง ซ้ำนายแขวงส่วนหนึ่งไม่เข้าถึงประชาชน ดูหมิ่นชาวพื้นเมืองและใช้อำนาจกดขี่เกณฑ์แรงงานจนเกินไป ปัญหาเหล่านี้มีอยู่ทั่วไปตามเมืองต่างๆ ในมณฑลพายัพ แต่ที่ลุกลามเป็นการต่อต้านครั้งใหญ่เกิดที่เมืองแพร่ในเหตุการณ์กบฏเงี้ยว พ.ศ. ๒๔๔๕ พวกกบฏเป็นกองโจรเงี้ยวที่ได้รับการสนับสนุนจากเจ้านายเมืองแพร่ ครั้นพวกกบฏ ยึดเมืองสำเร็จ เงี้ยวชาวเมืองและราษฎรได้ร่วมมือกับโจรเงี้ยวเข่นฆ่าข้าราชการจากส่วนกลางถึง ๒๐ กว่าคน
สำหรับเมืองเชียงใหม่มีการต่อต้านเช่นเดียวกันซึ่งเกิดก่อนกบฏเงี้ยวเมืองแพร่แต่ไม่รุนแรงเท่า การต่อต้านการเกณฑ์แรงงานของราษฎรในเมืองเชียงใหม่เท่าที่พบหลักฐานจากหอจดหมายเหตุแห่งชาติครั้งแรกวันที่ ๑๘ มีนาคม ปลายปี พ.ศ. ๒๔๔๔ โดยพระยานริศรราชกิจโทรเลขแจ้งทางกรุงเทพฯ ว่า “ราษฎรแลแก่บ้านแขวงเมืองเชียงใหม่ร้องว่าเค้าสนามหลวงได้กะเกณฑ์ทำถนนหนทาง แลว่าได้เสียเงินแทนเกณฑ์แล้วยังถูกเกณฑ์อีก” และวันที่ ๒๓ เมษายน ต้นปี พ.ศ. ๒๔๔๕ ราษฎรแขวงแม่วังและแขวงเกืองหลายร้อยคนขัดขืนไม่ยอมทำถนน ความรุนแรงของการประท้วงไม่ยอมทำตามคำสั่งของทางราชการเกิดขึ้นอีกเมื่อวันที่ ๒๘ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๔๔๕ ณ ที่ทำการแขวงแม่งัด มีราษฎรประมาณ ๖๐๐ คน พร้อมอาวุธมีดดาบและไม้ พากันไปชุมนุมประท้วงกรมการแขวงแม่งัดและได้เกิดการปะทะกัน ตำรวจซึ่งอยู่ร่วมกับกรมการแขวงแม่งัดจำนวน ๑๐ นาย ใช้ปืนยิงถูกราษฎร ผลราษฎรตาย ๖ คน บาดเจ็บ ๒ คน ส่วนพวกกรมการแขวงบาดเจ็บ ๒ คน
ผลของกบฏเงี้ยวเมืองแพร่เปิดโอกาสให้รัฐบาลเข้าจัดการปกครองมณฑลพายัพได้อย่างเต็มที่ โดยส่งกำลังทหารเข้าปราบพวกกบฏอย่างเฉียบขาด พร้อมกับลงโทษเจ้านายเมืองแพร่ด้วยการปลดออก แล้วให้ข้าราชการจากส่วนกลางดำรงตำแหน่งใหม่ทั้งหมด ทั้งนี้เพื่อเป็นตัวอย่างให้เมืองอื่นๆ เห็นว่าการต่อต้านรัฐบาลไม่มีทางสำเร็จ นอกจากยอมสนับสนุนแต่โดยดี หลังจากเกิดกบฏเงี้ยวท่าทีของเจ้านายเมืองเหนือจึงยอมรับอำนาจรัฐทุกอย่าง
ในการดำเนินงานปฏิรูปการปกครองช่วงหลังกบฏเงี้ยวมีพระยาสุรสีห์วิศิษฐ์ศักดิ์ (เชย กัลยาณมิตร) (พ.ศ. ๒๔๔๕ - ๒๔๕๘) เป็นข้าหลวงเทศาภิบาลซึ่งเป็นผู้ที่มีความสามารถสูง พระยา สุรสีห์วิศิษฐ์ศักดิ์เริ่มต้นแก้ไขปัญหาบุคลากร โดยคัดเลือกข้าราชการที่มีความรู้ความสามารถและเข้าถึงราษฎร นับว่าเป็นสิ่งสำคัญมาก นอกจากนั้นก็ใช้นโยบายผ่อนปรนไม่เกณฑ์แรงงานจนเกินไป ขณะเดียวกันก็สร้างความเจริญให้แก่ท้องถิ่น ทั้งด้านการศึกษา การไปรษณีย์โทรเลข การสาธารณสุข และการซ่อมสร้างถนนและสะพานอย่างมากมาย
ส่วนผลประโยชน์ทางเศรษฐกิจของเจ้าเมืองเชียงใหม่ปรากฏว่าเจ้าอินทวโรรสสุริยวงษ์ของ-รับเป็นเงินเดือนเพียงอย่างเดียว โดยรัฐบาลกลางใช้วิธีคำนวณจากรายได้เท่าที่ผ่านมาโดยเฉลี่ยแล้วกำหนดเป็นเงินเดือนซึ่งได้เดือนละ ๒๐,๐๐๐ บาท ส่วนเจ้าแก้วนวรัฐเจ้าเมืองคนสุดท้ายได้เงินเดือนๆ ละ ๑๐,๐๐๐ บาท ต่อมาเพิ่มเป็น ๑๒,๐๐๐ บาท เงินเดือนนี้ถือเป็นการพระราชทานเฉพาะบุคคลเมื่อสิ้นชีวิตจะงดจ่ายทันที และการให้ผลประโยชน์เป็นเงินเดือนก็เท่ากับว่าเจ้าเมืองมีฐานะเหมือน ข้าราชการทั่วไป นับเป็นความสำเร็จที่จะนำไปสู่การยกเลิกตำแหน่งเจ้าเมืองประเทศราชในเวลาต่อมา
พระยาสุรสีห์วิศิษฐ์ศักดิ์จัดการปกครองอยู่ ๑๓ ปี (พ.ศ. ๒๔๔๕ - ๒๔๕๘) ก็ประสบความสำเร็จเป็นที่พอใจของรัฐบาลยิ่ง โดยเฉพาะด้านการศึกษาเป็นช่วงที่เกิดการปฏิรูปการศึกษาในล้านนา ราษฎรนิยมเรียนหนังสือไทยกันมาก การผสมกลมกลืนให้มีความรู้สึกเป็นพลเมืองไทยค่อยประสบความสำเร็จเป็นลำดับ ส่วนเจ้าเมืองเชียงใหม่และเจ้านายบุตรหลานให้การสนับสนุนการดำเนินงานของรัฐบาลทั้งด้านการศึกษา และการทำนุบำรุงบ้านเมือง
มณฑลพายัพในช่วง พ.ศ. ๒๔๕๘ - ๒๔๖๘ จะจัดเป็นระเบียบแบบแผนเช่นเดียวกับมณฑลภายในทุกประการ และช่วงนี้มีการจัดตั้งมณฑลมหาราษฎร์ประกอบด้วย ลำปาง แพร่ น่าน แล้วรวมกับมณฑลพายัพเป็นมณฑลภาคพายัพ อย่างไรก็ตามการเปลี่ยนแปลงที่สำคัญในเชียงใหม่จะเกิดหลังจากทางรถไฟสายเหนือมาถึงปลายทางที่เชียงใหม่ในปี พ.ศ. ๒๔๖๔ ซึ่งทำให้เศรษฐกิจเปลี่ยนไปอย่างรวดเร็ว มีการขยายเนื้อที่เพาะปลูกข้าวและพืชเศรษฐกิจอื่นๆ เพื่อส่งเป็นสินค้าออก และสินค้าจากส่วนกลางก็เข้ามาเชียงใหม่มากขึ้น รวมทั้งวิทยาการความเจริญในทุกๆ ด้านด้วย
การปกครองเมืองเชียงใหม่ช่วง พ.ศ. ๒๔๖๘ - ๒๔๗๖ เป็นการปรับปรุงช่วงสุดท้ายก่อนยกเลิกระบบเทศาภิบาล ได้เริ่มเมื่อรัชกาลที่ ๗ ขึ้นครองราชย์ ทรงยกเลิกระเบียบแบบแผนต่างๆ ที่จัดขึ้นในช่วง พ.ศ. ๒๔๕๘ - ๒๔๖๘ ทรงยุบเลิกตำแหน่งและหน่วยงานที่ไม่เหมาะสมกับสภาวะเศรษฐกิจตกต่ำ เช่น ยุบมณฑลมหาราษฎร์เข้ากับมณฑลพายัพ ยุบเลิกตำแหน่งเสนาทั้ง ๖ ซึ่งว่างมานานแล้ว และทรงดำเนินนโยบายยกเลิกตำแหน่งเจ้าเมืองโดยเด็ดขาด ซึ่งกำหนดว่านับตั้งแต่ พ.ศ. ๒๔๖๙ เป็นต้นไป หากตำแหน่งเจ้าเมืองใดว่างลงจะไม่โปรดเกล้าฯ แต่งตั้งขึ้นอีก ส่วนเจ้าเมืองที่มีชีวิตอยู่ก็ได้เงินเดือนจนถึงแก่พิราลัย ซึ่งเจ้าแก้วนวรัฐเจ้าเมืองเชียงใหม่องค์สุดท้ายถึงแก่พิราลัยใน พ.ศ. ๒๔๘๒ จึงเป็นการสิ้นสุดตำแหน่งเจ้าเมืองเชียงใหม่ และหลังจากคณะราษฎร์เปลี่ยนแปลงการปกครอง พ.ศ. ๒๔๗๕ ได้ยกเลิกระบบมณฑลเทศาภิบาลลงใน พ.ศ. ๒๔๗๖ มณฑลพายัพจึงสลายตัว ส่วนเมืองเชียงใหม่ซึ่งเคยเป็นศูนย์กลางของอาณาจักรล้านนาไทยในอดีตก็มีฐานะเป็นเพียงจังหวัดเช่นเดียวกับจังหวัดอื่นๆ สืบมาจนปัจจุบัน
บทสรุป
เชียงใหม่เป็นศูนย์กลางของอาณาจักรล้านนาไทย ซึ่งมีประวัติความเป็นมาที่เก่าแก่ โดยเป็นอิสระในสมัยที่ราชวงศ์มังรายปกครอง ครั้นถึงสมัยพระเจ้าบุเรงนองพม่ามีความเข้มแข็งมากสามารถตีเชียงใหม่สำเร็จใน พ.ศ. ๒๑๐๑ และในเวลาต่อมาก็โจมตีอยุธยาสำเร็จอีกใน พ.ศ. ๒๑๑๒ อยุธยาสามารถเป็นอิสระจากพม่าหลังจากถูกครอบครอง ๑๕ ปี ส่วนล้านนาไทยพยายามดิ้นรนเป็นอิสระอยู่หลายครั้งแต่ก็ไม่สามารถพ้นจากอิทธิพลของพม่าได้ ล้านนาไทยมีสภาพที่อ่อนแอถูกพม่าครอบครองเกือบตลอดเวลา มีช่วงเวลาสั้นๆ ที่ฝ่ายอยุธยาเข้าครอบครอง
อย่างไรก็ตามความคิดที่จะ “ฟื้นม่าน” (ต่อต้านพม่า) ของชาวเชียงใหม่เกิดขึ้นเสมอ แต่ไม่สำเร็จเชียงใหม่ไม่สามารถขับไล่พม่าโดยลำพังได้ ในที่สุดใน พ.ศ. ๒๓๑๗ พระยาจ่าบ้านและพระยา กาวิละเข้าสวามิภักดิ์ต่อสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช แล้วร่วมกับกองทัพไทยขับไล่พม่าออกไปนับ ตั้งแต่นั้นมาเชียงใหม่จึงมีฐานะเป็นเมืองประเทศราชของไทย
ในสมัยธนบุรีและรัตนโกสินทร์ตอนต้น พม่ายังคงรุกรานเชียงใหม่และหัวเมืองประเทศราชล้านนาไทยเพื่อหวังจะกลับมาปกครองอีก รัฐบาลสมัยนั้นต้องช่วยเหลือให้ล้านนาไทยเข้มแข็งสามารถต่อต้านกับพม่าได้ สมัยรัชกาลที่ ๑ มีนโยบายฟื้นฟูเมืองเชียงใหม่ให้เป็นศูนย์กลางของล้านนาไทยที่เข้มแข็ง โดยแต่งตั้งพระยากาวิละเป็นเจ้าเมืองเชียงใหม่ทำหน้าที่ “ฟื้นเมืองเชียงใหม่” และขับไล่ อิทธิพลพม่าให้หมดไป ซึ่งประสบความสำเร็จในปลายรัชกาลที่ ๑ เมืองเชียงใหม่ฟื้นตัวอย่างมั่นคงและสามารถขับไล่พม่าออกไปจากที่มั่นที่เมืองเชียงแสนใน พ.ศ. ๒๓๔๗
การปกครองเมืองเชียงใหม่ในฐานะเมืองประเทศราช รัฐบาลกลางไม่เข้าไปยุ่งเกี่ยวใน กิจการภายในทั้งด้านการปกครอง เศรษฐกิจ และขนบธรรมเนียมประเพณี เจ้าเมืองเชียงใหม่จึงมีอิสระในการบริหารบ้านเมืองของตนเป็นอันมาก แต่มิได้หมายความว่ารัฐบาลกลางจะไม่ควบคุมเชียงใหม่เสียทีเดียว เพราะรัฐบาลกลางใช้วิธีการที่แสดงตนว่ามีฐานะที่เหนือกว่าเชียงใหม่ เช่น การแต่งตั้งตำแหน่งเจ้าขัน ๕ ใบ ซึ่งเป็นตำแหน่งทางการเมืองในระดับสูง บุคคลที่ได้รับตำแหน่งต้องยอมรับในอำนาจของพระมหากษัตริย์ โดยการเข้าเฝ้าเพื่อรับตราตั้งและเครื่องยศ และวิธีการให้กระทำพิธีถือน้ำพระพิพัฒน์สัจจาซึ่งมีการสาบานว่าจะจงรักภักดี นอกจากนั้นยังให้เมืองเชียงใหม่ปฏิบัติตามพันธะของเมืองประเทศราชในรูปของการส่งต้นไม้เงินทอง เครื่องราชบรรณาการ ส่วยและการเกณฑ์ของ และการเกณฑ์ช่วยราชการสงคราม เป็นต้น
วิธีการปกครองเมืองเชียงใหม่ในฐานะเมืองประเทศราชดังกล่าว นับว่าเหมาะสมกับ สภาวการณ์ในสมัยนั้น ซึ่งรัฐบาลกลางมีกำลังน้อยควบคุมไม่ถึง การคมนาคมไม่สะดวก และไม่จำเป็นต้องเพิ่มภาระเพราะผลประโยชน์ทางเศรษฐกิจที่ได้รับก็เพียงพออยู่แล้ว ในส่วนเจ้าเมืองเชียงใหม่ก็ต้องการมีสิทธิในการปกครองตามขนบธรรมเนียมของตน อย่างไรก็ตามเมื่อตะวันตกเข้ามาสภาพการปกครองหัวเมืองประเทศราชดังกล่าว ได้กลายเป็นปัญหาที่ทำให้รัฐบาลกลางต้องเข้าไปควบคุมมากขึ้นตามลำดับ การปฏิรูปการปกครองในเมืองเชียงใหม่จึงเกิดขึ้นใน พ.ศ. ๒๔๒๗ ซึ่งพร้อมกับเมืองลำปางและลำพูน รวมเรียกว่าหัวเมืองลาวเฉียง นับเป็นดินแดนแห่งแรกในพระราชอาณาจักรที่รัฐบาลกลางต้องเร่งดำเนินการด้วยมีปัญหาเกี่ยวพันกับคนในบังคับอังกฤษ
การปฏิรูปการปกครองในเมืองเชียงใหม่เป็นส่วนหนึ่งของการปฏิรูปการปกครองมณฑลพายัพ โดยมีเชียงใหม่เป็นศูนย์กลางของการปฏิรูป ลักษณะการดำเนินงานเป็นการผนวกดินแดนหัวเมืองประเทศราชเชียงใหม่และล้านนาไทยเข้าเป็นส่วนหนึ่งในพระราชอาณาจักรที่ใช้เวลายาวนานถึง ๔๙ ปี (พ.ศ. ๒๔๒๗ - ๒๔๗๖) โดยมีการเปลี่ยนแปลงทั้งด้านการปกครอง การศาล การภาษีอากร การคลัง การศึกษา และอื่นๆ ตามความเหมาะสม โดยเฉพาะตำแหน่งเจ้าเมืองเชียงใหม่ รัฐบาลไม่ยกเลิกในทันทียังคงให้ดำรงตำแหน่งอย่างมีเกียรติ แต่ขณะเดียวกันก็พยายามลดอำนาจและผลประโยชน์ของเจ้าเมืองเชียงใหม่อย่างค่อยเป็นค่อยไป ดังจะเห็นว่าในช่วงแรกที่รัฐบาลกลางส่งข้าหลวงสามหัวเมืองขึ้นมาแก้ไขปัญหาที่เมืองเชียงใหม่ พ.ศ. ๒๔๑๗ - ๒๔๒๖ ยังไม่ได้ควบคุมเจ้าเมืองเชียงใหม่โดยตรง เพียงแต่ส่งข้าหลวงขึ้นไปแนะนำให้เจ้าเมืองเชียงใหม่ปฏิบัติให้ถูกต้องตามสนธิสัญญาเชียงใหม่และตามคำสั่งของรัฐบาลเท่านั้น ครั้นต่อมาในช่วง พ.ศ. ๒๔๒๗ - ๒๔๔๒ รัฐบาลดำเนินการปฏิรูปการปกครองซึ่งเริ่มเข้าควบคุมอำนาจและผลประโยชน์บางอย่างและเป็นการวางรากฐานก่อนการจัดการปกครองแบบมณฑลเทศาภิบาล เพราะเมื่อจัดการปกครองแบบมณฑลเทศาภิบาลใน พ.ศ. ๒๔๔๒ เป็นเวลาที่รัฐบาลสามารถดำเนินการขั้นตอนยกเลิกฐานะหัวเมืองประเทศราช พร้อมกับเข้าควบคุมอำนาจทางการปกครองและผลประโยชน์จากเจ้าเมืองเหนือได้อย่างแท้จริง โดยเฉพาะหลังกบฏเงี้ยว พ.ศ. ๒๔๔๕
ในปลายสมัยรัชกาลที่ ๕ (ปี พ.ศ ๒๔๕๑) เจ้าอินทวโรรสสุริยวงษ์ เจ้าเมืองเชียงใหม่ (พ.ศ. ๒๔๔๕ - ๒๔๕๒) ขอรับผลประโยชน์เป็นเงินเดือนประจำจึงเริ่มมีฐานะเหมือนข้าราชการทั่วไป และสมัยรัชกาลที่ ๖ เจ้าเมืองเหนือที่เหลืออยู่ก็ขอรับพระราชทานเงินเดือนเช่นเดียวกันหมด ในสมัยรัชกาลที่ ๗ พระองค์ทรงดำเนินการในขั้นต่อมาคือ ยกเลิกตำแหน่งเจ้าเมือง โดยกำหนดว่าหากเจ้าเมืององค์ใดถึงแก่พิราลัยแล้วจะไม่โปรดเกล้าฯ ให้ผู้ใดดำรงตำแหน่งอีก เท่ากับยกเลิกตำแหน่งไปโดยปริยาย สัญลักษณ์ของเมืองประเทศราชจึงค่อยสลายตัวลง ครั้นเมื่อคณะราษฎรยกเลิกการปกครองแบบมณฑลเทศาภิบาลใน พ.ศ. ๒๔๗๖ มณฑลพายัพจึงถูกยุบ แต่ผลของการเปลี่ยนแปลงในช่วงการปฏิรูปการ ปกครองคงเป็นรากฐานสืบมาถึงปัจจุบัน