การบริหารงานบุคคลในสถานศึกษาเป็นภารกิจสำคัญที่มุ่งส่งเสริมให้สถานศึกษาสามารถปฏิบัติงานเพื่อตอบสนองภารกิจของสถานศึกษา เพื่อดำเนินการด้านการบริหารงานบุคคลให้เกิดความคล่องตัว อิสระภายใต้กฎหมาย ระเบียบ เป็นไปตามหลักธรรมาภิบาล ข้าราชการครูและบุคลากรทางการศึกษาได้รับการพัฒนา มีความรู้ ความสามารถ มีขวัญกำลังใจ ได้รับการยกย่องเชิดชูเกียรติ มีความมั่นคงและก้าวหน้าในวิชาชีพ ส่งผลต่อการพัฒนาคุณภาพการศึกษาของผู้เรียนเป็นสำคัญ ซึ่งสถานศึกษาได้รับการกระจายอำนาจตามพระราชบัญญัติระเบียบบริหารข้าราชการครูและบุคลากรทางการศึกษา พ.ศ. 2547 และที่แก้ไขเพิ่มเติม (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2551 โดยมอบอำนาจการบริหารงานในลักษณะการบริหารโดยคณะบุคคลได้แก่ คณะกรรมการข้าราชการครูและบุคลากรทางศึกษา (ก.ค.ศ.) คณะอนุกรรมการข้าราชการครูและบุคลากรทางศึกษาประจำเขตพื้นที่ (อ.ก.ค.ศ. เขตพื้นที่) และคณะกรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน

ปัญหาการบริหารงานในด้านงานบุคคล(สำหรับสถานศึกษาในแดนใต้) พบว่าการบริหารงานการวางแผนอัตรากำลัง การกำหนดตำแหน่งและการบริหารงานการสรรหาและบรรจุแต่งตั้งในสถานศึกษาไม่คล่องตัวและไม่สอดคล้องในเชิงปฏิบัติ อัตราตำแหน่งและคุณสมบัติของข้าราชการครูและบุคลากรทางการศึกษาไม่สนองต่อความต้องการสถานศึกษา อาจสืบเนื่องจากผลจากการดำเนินการตามนโยบายของรัฐบาลเกี่ยวกับการแต่งตั้งย้ายข้าราชการครูที่ปฏิบัติงานอยู่ในจังหวัดชายแดนภาคใต้ที่ขอย้ายออกจากพื้นที่ และมีนโยบายให้สรรหาบุคลากรในพื้นที่ ในลักษณะพนักงานราชการและครูอัตราจ้างชั่วคราว มาปฏิบัติงานทดแทน ประกอบกับระเบียบ หลักเกณฑ์และวิธีการที่ ก.ค.ศ. ซึ่งกำหนดคุณสมบัติเฉพาะสำหรับตำแหน่งและจำนวน โดยใช้เกณฑ์ข้อมูลจำนวนนักเรียนของแต่ละสถานศึกษานั้น ๆ เป็นหลัก ส่งผลกระทบต่อการได้รับจัดสรรข้าราชการครูและบุคลากรทางการศึกษาที่มีคุณสมบัติไม่ตรงตามความต้องการหรือความขาดแคลนตามหลักสูตรสถานศึกษา จากผลการดำเนินการดังกล่าว ก่อให้เกิดปัญหาในทางปฏิบัติเป็นอย่างมาก และมีผลกระทบต่อเนื่องถึงการบริหารงานการเสริมสร้างประสิทธิภาพในการปฏิบัติราชการและการพัฒนาข้าราชการครูและบุคลากรทางการศึกษาโดยรวม ซึ่งสถานศึกษาต้องเสียงบประมาณในการพัฒนาข้าราชการครูและบุคลากรทางการศึกษา ในการจัดการประชุม อบรม สัมมนา และการศึกษาดูงานมากขึ้น ประกอบกับครูอาจจะได้รับมอบหมายให้ทำงานที่แตกต่างหลากหลายตั้งแต่งานธุรการและงานนโยบายเร่งด่วนที่ไม่เกี่ยวข้องกับการเรียนการสอนและไม่สัมพันธ์กับความก้าวหน้าแห่งวิชาชีพครู ทำให้ครูเกิดความท้อถอยขาดกำลังใจในการพัฒนางานและการพัฒนาวิชาชีพครู ซึ่งต้องการพัฒนาคุณภาพการศึกษาของผู้เรียนเป็นสำคัญในการจัดการเรียนการสอนที่มีประสิทธิภาพ และสามารถนำผลจากการพัฒนาการเรียนการสอนและพัฒนาผู้เรียน มาเรียบเรียงเป็นผลงานทางวิชาการ เพื่อก้าวสู่ความเป็นครูมืออาชีพและขอปรับปรุงการกำหนดตำแหน่งให้สูงขึ้นต่อไป

อย่างไรก็ตามปัญหาการบริหารด้านงานบุคคลจากการบริหารงานการวางแผนอัตรากำลังและกำหนดตำแหน่ง การเสริมสร้างประสิทธิภาพในการปฏิบัติราชการ การสรรหาและการบรรจุแต่งตั้ง อาจเป็นสาเหตุที่ส่งผลให้ผลสัมฤทธิ์ทางการเรียน จากการประเมินคุณภาพทางการศึกษาระดับชาติ (O-NET) มีระดับคุณภาพที่ไม่น่าพอใจ