การบริหารงานงบประมาณในสถานศึกษาขั้นพื้นฐานได้รับการกระจายอำนาจโดยการมอบอำนาจจากเลขาธิการคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน ผู้รับมอบอำนาจมีอำนาจหน้าที่เช่นเดียวกับผู้มอบอำนาจ ปฏิบัติตามกฎหมายงบประมาณและระเบียบการปฏิบัติของกระทรวงการคลังและสำนักนายกรัฐมนตรีอย่างเคร่งครัด เพื่อมุ่งเน้นความเป็นอิสระ มุ่งเน้นผลสัมฤทธิ์และผลงาน ให้มีการจัดหาผลประโยชน์จากทรัพย์สินของสถานศึกษา รวมทั้งจัดหารายได้จากการบริการมาใช้บริหารจัดการเพื่อประโยชน์ทางการศึกษา ส่งผลให้เกิดคุณภาพที่ดีขึ้นต่อผู้เรียน

ปัญหาการบริหารงานในด้านงานงบประมาณ พบว่าสถานศึกษาส่วนใหญ่มีความเข้าใจว่า การบริหารงานระดมทรัพยากรและการลงทุนเพื่อการศึกษา หมายถึง ภารกิจการขอรับบริจาคหรือการได้รับการสนับสนุนทรัพยากรจากบุคคลหรือหน่วยงานต่าง ๆ เพียงด้านเดียว ซึ่งในข้อเท็จจริงการบริหารงานการระดมทรัพยากรและการลงทุนเพื่อการศึกษาครอบคลุมภารกิจในการจัดการทรัพยากรทั้งหมดที่เกี่ยวข้องกับสถานศึกษา ได้แก่ การจัดการทรัพยากร การระดมทรัพยากร การจัดหารายได้และผลประโยชน์ กองทุนกู้ยืมเพื่อการศึกษา และกองทุนสวัสดิการเพื่อการศึกษา ซึ่งสถานศึกษาส่วนใหญ่อาจไม่ได้ให้ความสำคัญในเชิงปฏิบัติ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในส่วนของการจัดหารายได้และผลประโยชน์ ด้านธุรกิจศึกษาในสถานศึกษา การสร้างผลิตภัณฑ์จากการศึกษาและจำหน่ายให้สอดคล้องกับ “ปรัชญาของเศรษฐกิจพอเพียง” ซึ่งจะส่งผลให้เกิดคุณภาพที่ดีขึ้นต่อผู้เรียนโดยตรง คือ การเป็นคนดี คนเก่ง คนมีความสุข และสามารถลดปัญหาความไม่เพียงพอของงบประมาณได้อีกทางหนึ่ง ในส่วนของปัญหาในการจัดทำและเสนอของบประมาณ อาจเนื่องจากกรอบประมาณการรายจ่ายระยะปานกลาง (Medium Term Expenditure Framework:MTEF) มีความเกี่ยวโยงกับการวิเคราะห์ทิศทางและยุทธศาสตร์ของหน่วยงานเหนือสถานศึกษา ได้แก่ เป้าหมายเชิงยุทธศาสตร์ระดับชาติ แผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ แผนการศึกษาแห่งชาติแผนปฏิบัติราชการของกระทรวงศึกษาธิการ แผนพัฒนาการศึกษาขั้นพื้นฐาน ตลอดจนข้อตกลงผลการปฏิบัติงาน(Service Delivery Agreement:SDA) และเป้าหมายการให้บริการสาธารณะ(Public Service Agreement:PSA) ทุกระดับ ซึ่งอาจมีการเปลี่ยนแปลงและสถานศึกษาส่วนใหญ่อาจไม่ได้ปรับแผนกลยุทธ์ แผนงาน งาน/โครงการให้สอดคล้องกับกรอบประมาณการรายจ่ายระยะปานกลาง (MTEF) ดังกล่าว ประกอบกับคุณลักษณะเฉพาะของครุภัณฑ์ สิ่งก่อสร้างแบบมาตรฐานบางรายการมีข้อจำกัดไม่สามารถสนองต่อความต้องการของสถานศึกษา จึงส่งผลให้การจัดทำคำขอรับงบประมาณของสถานศึกษาเสนอต่อเขตพื้นที่การศึกษาเกิดความยุ่งยากและล้าช้ากว่าปกติและไม่สอดคล้องกับแผนกลยุทธ์ของสถานศึกษา ส่งผลกระทบต่อเนื่องกับการบริหารงานพัสดุและสินทรัพย์ซึ่งเป็นการบริหารงานที่ต้องปฏิบัติตามกฎหมาย ระเบียบและเอกสารที่เกี่ยวข้องอย่างเคร่งครัด ประกอบกับสถานศึกษามีจำนวนบุคลากรครูที่ปฏิบัติหน้าที่เกี่ยวกับงานพัสดุไม่เพียงพอ จึงทำให้สถานศึกษาปฏิบัติงานได้ไม่ครอบคลุมตามภารกิจการบริหารงานและอยู่ในภาวะมีความเสี่ยงสูง

อย่างไรก็ตามปัญหาการบริหารด้านงานงบประมาณ มีสาเหตุจากการบริหาร งานระดมทรัพยากรและการลงทุนเพื่อการศึกษา การจัดทำและเสนอของบประมาณ การบริหารพัสดุและสินทรัพย์ ตามลำดับ อาจเป็นสาเหตุที่ส่งผลกระทบต่อการบริหารงานด้านงานวิชาการและการบริหารงานด้านอื่น ๆ ตามไปด้วย ซึ่งอาจเป็นสาเหตุที่ส่งผลให้สัมฤทธิ์ทางการเรียน จากการประเมินคุณภาพทางการศึกษาระดับชาติ (O-NET) มีระดับคุณภาพที่ไม่น่าพอใจ