ในระหว่างปี ค.ศ.1914-1918 ได้เกิดสงครามโลกครั้งที่ 1 ขึ้น เฟลมมิ่งได้เข้าเป็นทหารเสนารักษ์ยศนายร้อยตรีประจำกอง ทัพตำรวจหลวง
และในระหว่างนี้เองทำให้เฟลมมิ่งได้เห็นทหารบาดเจ็บจากการต่อสู้จำนวนมาก และ บาดแผลของทหารเหล่านี้มีอาการอักเสบ เป็นบาดทะยัก หรือไม่ก็เน่าเปื่อย ซึ่งเป็นสาเหตุสำคัญที่ทำให้ทหารต้องเสียชีวิต แพทย์ เสนารักษ์ทั้งหลายพยายามดูแลบาดแผลด้วยยาฆ่าเชื้อโรค ซึ่งฆ่าเชื้อจุลินทรีย์ได้เพียงเล็กน้อยเท่านั้น เมื่อสงครามจบสิ้นลง เฟลมมิ่งได้เข้าทำงานเป็นอาจารย์สอนที่วิทยาลัยเซนต์แมรี่
ในระหว่างที่เขาทำงานอยู่ที่วิทยาลัยเซนต์ แมรี่ เขาได้ทำการทดลองเกี่ยวกับแบคทีเรียตัวหนึ่งที่มีชื่อว่าสเตปฟิโลคอกคัส (Staphylococcus) ซึ่งเป็นสาเหตุที่ทำให้เกิด โรคเซฟติซีเมีย (Septicemia) หรือโลหิตเป็นพิษและหนองอาการของโรคจะทำให้ผู้ป่วยมีอาการปวดบาดแผลมาก และทำให้ เสียชีวิตได้ในเวลาต่อมา
เฟลมมิ่งได้เพาะเชื้อแบคทีเรียชนิดนี้ลงบนจากแก้วเพื่อหาวิธีการฆ่าเชื้อโรคชนิดนี้ให้ได้ และยาฆ่าเชื้อต้อง ไม่เป็นอันตรายต่อร่างกาย เขาพยายามค้นหาสารสกัดจากสิ่งต่าง ๆ หลายชนิด เช่น น้ำมูก เนื่องจากครั้งหนึ่งเฟลมมิ่งป่วยเป็นหวัด มีน้ำมูกไหล เขาคิดว่าน้ำมูกเป็นสิ่งที่ร่างกายผลิตขึ้นมา ดังนั้นเขาจึงใช้น้ำมูกหยดลงในจานที่มีแบคมีเรีย ผลปรากฏว่าสามารถฆ่าเชื้อ แบคทีเรียได้ตายหมด แต่เป็นเชื้อแบคทีเรียที่ไม่ร้ายแรงนัก จากนั้นเฟลมมิ่งได้ทดลองนำสิ่งที่ร่างกายผลิตได้ทดลอง ต่อมาคือน้ำตา เขาใช้น้ำตา 2-3 หยด หยดลงในจานแบคทีเรีย ปรากฏว่าน้ำตาสามารถฆ่าเชื้อแบคทีเรียได้ดีกว่าน้ำมูกเสียอีก แต่น้ำตาเป็นสิ่งที่หา ยากมาก เฟลมมิ่งจึงต้องหาอย่างอื่นมาทดแทน เขาพบว่าในน้ำตามีเอนไซม์ ซึ่งน่าจะเป็นสิ่งที่ทำลายแบคทีเรียได้ เฟลมมิ่งได้นำเล็บ เส้นผม และผิวหนังมาทดลอง แต่เอนไซม์ที่สกัดได้มักมีผลกระทบต่อร่างกาย
ในที่สุดเขาก็ค้นพบเอนไซม์ชนิดหนึ่งในไข่ขาวชื่อว่า ไลโซไซม์
แต่การแยกไลโซไซม์บริสุทธิ์ออกมาทำให้ยากมาก อีกทั้ง เฟลมมิ่งขาดแคลนเครื่องมืออันทันสมัย คน และเวลา ดังนั้นเขาจึงเขียนบทความลงในวารสารฉบับหนึ่ง เพื่อหาเงินทุนในการ ทดลอง แต่ก็ไม่ประสบความสำเร็จ เพราะไม่มีผู้ใดให้ความสนใจเลย ดังนั้นเรื่องนี้จึงต้องหยุดชะงักแต่เพียงเท่านี้ แต่การทดลอง หาวิธีฆ่าเชื้อโรคของ เฟลมมิ่งไม่ได้หยุดแต่เพียงเท่านี้ เขาได้ทำการค้นหาวิธีอื่นที่ง่ายกว่านี้
ในปี ค.ศ.1928 เฟลมมิ่งได้เลื่อนตำแหน่งเป็นศาสตราจารย์ประจำภาควิชาแบคทีเรีย แต่เขาก็ยังคงทำการทดลองเพื่อค้นหา วิธีฆ่าเชื้อโรคต่อไป เฟลมมิงได้วิจัยเชื้อ staphylococcus ซึ่งเป็นแบคทีเรียที่ทำให้เกิดโรคsepticemia หรือโลหิตเป็นพิษและหนอง
เฟลมมิ่งได้ซื้ออุปกรณ์ชนิดใหม่สำหรับเพาะเชื้อแบคทีเรีย โดยลักษณะเป็นจานแก้วใส ก้นตื้น มีฝาปิด เฟลมมิ่ง ได้ใส่พืชทะเลชนิดหนึ่งลงไปในจานทดลองที่มีแบคทีเรีย จากนั้นปิดฝาให้สนิทเพื่อป้องกันไม่ให้สิ่งแปลกปลอมหล่นลงไป แล้วจึง นำไปเก็บไว้ในที่ที่มีอุณหภูมิ 37 องศาเซลเซียส ซึ่งเท่ากับอุณหภูมิในร่างกายมนุษย์ หน้าที่ในการดูแลจานแบคทีเรีย เฟลมมิ่งได้มอบ ให้กับผู้ช่วยของเขา วันหนึ่งผู้ช่วยของเขาลืมปิดฝาจาน อีกทั้งยังตั้งทิ้งไว้บนโต๊ะใกล้กับหน้าต่างห้องทดลองอีกด้วย ปรากฏว่า มีเชื้อราสีเทาเขียวมีลักษณะคล้ายกับราที่ขึ้นบนขนมปังอยู่เต็มไปหมด เฟลมมิ่งโกรธผู้ช่วยของเขามาก แต่ถึงอย่างนั้นเฟลมมิ่งก็ไม่ได้ ทิ้งจานทดลองอันนี้ และนำมาไว้ที่มุมหนึ่งของห้อง เมื่อเฟลมมิ่งได้ทำการทดสอบอีกครั้งหนึ่งอย่างละเอียดและพบว่า เชื้อราชนิดนี้กินเชื้อแบคทีเรีย staphylococcus ได้ เฟลมมิ่งได้เริ่มเพาะเชื้อราชนิดนี้ในจานเพาะ เมื่อเพาะชื้อราได้จำนวนมากพอ เฟลมมิ่งได้นำ เชื้อแบคทีเรีย 6 ชนิด ใส่ลงในจาน แล้วนำเชื้อราใส่ลงไป ปรากฏว่าเชื้อราสามารถฆ่าเชื้อแบคทีเรียได้ถึง 4 ชนิด ที่เหลืออีก 2 ชนิด เป็นแบคทีเรียชนิดร้านแรงที่ทำให้เกิดโรคอย่างแอนแทรกซ์ และคอตีบ
เฟลมมิงค้นพบว่า "mola juice" ของเขานั้นมีความสามารถในการฆ่าแบคทีเรียที่เป็นอันตรายในบริเวณกว้าง เช่น streptococcus, meningococcus หรือเชื้อ bacillus ที่ทำให้เกิดโรคคอตีบ จากนั้นเขาจึงมอบหมายงานที่ยากให้กับผู้ช่วยของเขา Stuart Craddock และ Frederick Ridley เพื่อแยกเพนนิซิลลินบริสุทธิ์ออกมาจาก mold juice ที่่ว่านี้ ซึ่งได้รับการพิสูจน์แล้วว่าไม่คงตัวมาก และพวกเขาก็เพียงแค่สามารถสกัดสารละลายหยาบๆออกมาได้เท่านั้น
จากนั้นเฟลมมิ่งได้สอบถามไปยังนักวิทยาศาสตร์ผู้มีความรู้ทั้งหลายว่า เชื้อราชนิดนี้ชื่ออะไร ในที่สุดเขาก็ได้คำตอบว่าเชื้อรา ชนิดนี้จัดอยู่ในกลุ่มเพนนิซิเลียม ชื่อว่า Penicillium notatum ต่อมาเฟลมมิ่งได้นำเชื้อราชนิดนี้มาสกัดเป็นยาชื่อว่า เพนนิซิลิน(Penicilin) เฟลมมิ่งได้นำยาชนิดนี้มาใช้กับสัตว์ทดลอง ซึ่งได้ผลเป็นอย่างดี แต่เขายังไม่กล้าใช้กับคน เพราะยังไม่สามารถสกัดเพนนิซิลิน บริสุทธิ์ได้ เฟลมมิ่งได้ทดลองแยกเพนนิซิลินหลายวิธีแต่ก็ไม่สามารถแยกได้ งานวิจัยของเขาได้รับการตีพิมพ์ใน British Journal of Experimental Pathology ค.ศ. 1929 ซึ่งได้พูดเพียงแค่การอ้างอิงถึงประโยชน์ในแง่ฤทธิ์รักษาของเพนนิซิลลินเท่านั้น ในขั้นนี้ดูเหมือนว่าการประยุกต์ใช้หลักๆของเพนนิซิลลินคือการแยกแบคทีเรียที่ไม่ว่องไวต่อเพนนิซิลินออกจากแบคทีเรียที่ว่องไวต่อเพนนิซิลลิน แต่อย่างน้อยสิ่งเหล่านี้ก็มีประโยชน์ในทางปฏิบัติต่อนักแบคทีเรียวิทยา และยังคงทำให้ความสนใจในเรื่องเพนนิซิลลินยังคงมีอยู่ต่อไป รวมไปถึง Harold Raistrick ศาสตราจารย์ภาควิชาชีวเคมีที่ London School of Hygiene and Tropical Medicine ได้ทดลองที่จะทำให้เพนนิซิลลินบริสุทธิ์ แต่ก็ล้มเหลว
เราโชคดีมากที่มีการค้นพบ Penicillin ช่วยชีวิตคนได้เยอะแยะจริงๆ
ต้องของคุณความพยายามของเฟรมมิ่งที่อุตส่าห์ค้นพบยาเพนนิซิลินได้
ไม่ว่าจะทำไร ต้องไม่ละความพยายามเนอะ