การจัดตั้ง "ศูนย์การจัดการสิ่งแวดล้อม" ขึ้นในปี พศ. 2540 ซึ่งมีฐานะเป็นหน่วยงานของ ภาควิชาวิศวกรรมสิ่งแวดล้อม คณะวิศวกรรมศาสตร์ โดยในปี พศ. 2541 ได้รับความเห็นชอบจากสภามหาวิทยาลัยขอนแก่น ให้เป็นองค์กรในลักษณะพึ่งตนเอง มีการบริหารจัดการที่เป็นอิสระจากระบบราชการ เพื่อทำหน้าที่ให้บริการงานวิชาการทางด้านสิ่งแวดล้อมต่อองค์กรหรือหน่วยงานต่าง ๆ ทั้งภาครัฐ เอกชน หรือภาคประชาชน