แต่ดั่งเดิมมาตำบลห้วยจระเข้มีลักษณะเป็นที่ราบลุ่ม พื้นที่ส่วนใหญ่เป็นทุ่งนาคนพื้นที่ส่วนใหญ่ประกอบอาชีพทำนาและทำสวน ซึ่งตำบลห้วยจระเข้จะมีคลองน้ำไหลผ่านโดยมีต้นน้ำไหลมาจากจังหวัดกาญจนบุรี จึงทำให้พื้นที่ตำบลห้วยจระเข้อุดมสมบูรณ์ มีสัตว์น้ำตามธรรมชาติจำนวนมาก รวมถึงมีจระเข้ชุกชุมจนมีการตั้งชื่อคลองน้ำดังกล่าวว่าคลองจระเข้น้อย ต่อมามีการแบ่งเขตการปกครองและปัจจุบันได้ตั้งชื่อคลองน้ำที่ไหลผ่านพื้นที่ตำบลห้วยจระเข้ขึ้นใหม่โดยใช้ชื่อ คลองชัยพฤกษ์ ซึ่งจะเชื่อมต่อกับคลองจระเข้น้อย โดยตำบลห้วยจระเข้ในอดีตมี 7 หมู่บ้าน แต่หมู่ที่ 2 เข้าเขตเทศบาล จึงทำให้ในปัจจุบันเหลือเพียง 6 หมู่บ้าน ได้แก่ หมู่บ้านไผ่เตย, หมู่บ้านทุ่งอีซ่วย, หมู่บ้านสวนผัก,หมู่บ้านสวนใหม่, หมู่บ้านโคกมะขาม, หมู่บ้านหลังวัดใหญ่
