นิสิตมหาวิทยาลัยนเรศวรได้รับรางวัลนวัตกรรมนิสิต  จากการประกวดโครงการนวัตกรรมแห่งประเทศไทย ครั้งที่ 6 ประจำปี 2549   ณ ศูนย์กีฬากาญจนาภิเษก มหาวิทยาลัยแม่โจ้  จังหวัดเชียงใหม่  โดยมหาวิทยาลัยนเรศวรได้ส่งโครงการเข้าร่วมประกวดทั้งหมดจำนวน 9 โครงการ สามารถผ่านเกณฑ์พิจารณาตัดสินของคณะกรรมการโดยได้รับรางวัลนวัตกรรมแห่งประเทศไทย ในระดับเขตภาคเหนือตอนล่าง เพื่อเตรียมแข่งขันในระดับประเทศ จำนวน   3  โครงการ ได้แก่ โครงการระบบการมองเห็นแบบฝังตัว  สาขาวิศวกรรมศาสตร์ เทคโนโลยีและคอมพิวเตอร์         โดย  นายเศรษฐา   ตั้งค้าวานิช และนายอนุชิต  ชุมทอง     คณะวิศวกรรมศาสตร์ โครงการการประดิษฐ์เครื่องวัดความหนาทรวงอกด้วยคลื่นเสียงความถี่สูงเพื่อคำนวณค่าเอกซโพเซอร์ที่เหมาะสม        โดย นางสาวนพเก้า  เรืองสมบัติ,  นายศักดิ์ชัย  โคตถา และนายศราวุธ   ธนะชาญชัย     คณะสหเวชศาสตร์ และ   โครงการการพัฒนายาเม็ดลอยตัวชนิดที่ต้องอาศัยเทคนิคการเกิดก๊าซ         โดย  นางสาวปัณฑราภรณ์  บานชื่น, นางสาวพิชญาภัค  เอื้อประเสริฐ  และนายภาคภูมิ  อินตายวง  คณะเภสัชศาสตร์โดยทั้งสามโครงการจะต้องเตรียมตัวเพื่อแข่งขันในระดับประเทศ ณ ศูนย์การประชุมแห่งชาติสิริกิตต์  กรุงเทพฯ   ระหว่างวันที่ 4-5 ตุลาคม 2549