หลักสูตรสถานศึกษาโรงเรียนบ้านนาจาน ได้จัดทำขึ้นโดยความร่วมมือของบุคลากรทางการศึกษา  คระกรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน  มีวิธีการจัดทำ  โดยศึกษาจุดอ่อน  จุดแข็งของสถานศึกษา  แล้วจัดทำหลักสูตร โดยอิงหลักสูตรแกนกลางของกระทรวงศึกษาธิการ     และจัดทำหลักสูตรท้องถิ่น