เจ้าตัวจิ๋วมีบทบาทอยู่ในขั้นตอนบำบัดอยู่ 2 ขั้นตอน คือ ขั้นตอนของการบำบัดแบบใช้อากาศ ช่วยย่อยสลายสารอินทรีย์เป็นคาร์บอเนต ไนเตรต แอมโมเนีย ฟอสเฟต และซัลเฟต ซึ่งสามารถเลือกวิธีได้ 2 รูปแบบ
แบบแรกจะต้องมีถังขนาดใหญ่ ในถังจะมีหินเตรียมไว้ใช้เป็นคอนโด ให้เจ้าตัวจิ๋วแวะผ่อนพักได้เมื่อน้ำเสียผ่านเข้ามา มีการพ่นอากาศผ่านตัวหิน เมื่อที่ผ่านน้ำเสียลงสู่ส่วนล่างด้วยวิธีซึม
เมื่อเจ้าตัวจิ๋วมาแวะพักกัน ชั้นบนจะถูกจองโดยเจ้าตัวจิ๋วพวก Pseudomonas, Zoogloea เชื้อราพวก Fusarium, Ascoidea, Trisporon ชั้นล่างจะจองโดยพวกที่เปลี่ยนแอมโมเนียเป็นไนเตรท ไนไตรท์เป็นไนเตรท (Autotrophic nitrifying) กลุ่ม Nitrosomonas , Nitrobacter
อีกแบบใช้วิธีเติมเจ้าตัวจิ๋วและอากาศลงในน้ำเสีย มีการย่อยสลายสารอินทรีย์โดยเจ้าตัวจิ๋วพวกเดียวกับแบบแรก ต่างไปตรงที่มีแบคทีเรียอีกตัวเพิ่มมาช่วยย่อยสลายสารอินทรีย์ ชื่อว่า Zoogloea ramigera มันจะอยู่กันที่ก้นถังในรูปตะกอนก่อนเดินทางไปยังถังบำบัดถัดไป
ตะกอนเชื้อพวกนี้นำกลับมาใช้ใหม่เพื่อเติมลงในระบบบำบัดได้ซ้ำ
วิธีใช้อากาศ ลดค่า BOD ได้มากถึง 20 mg ออกซิเจนต่อลิตรเชียวนา มิน่าจึงเป็นวิธีที่มักเลือกใช้กัน
อีกขั้นตอนของระบบบำบัดที่เจ้าตัวจิ๋วเข้าไปมีบทบาท คือ การบำบัดแบบไม่ใช้อากาศ ขั้นตอนนี้จะย่อยสลายตะกอนที่ส่งผ่านมาจากถังบำบัดก่อนหน้า โดยเจ้าตัวจิ๋วที่ไม่ต้องการใช้ออกซิเจนในการทำหน้าที่
ตะกอนที่ส่งผ่านมาส่วนใหญ่เป็นพวกสารอินทรีย์ที่ไม่ละลายน้ำ เช่น เซลลูโลส
ไดัฟังเรื่องนี้ก็เข้าใจแล้วว่า ทำไมจึงยอมรับระบบบำบัดที่มีใบไม้ร่วงลงไปไม่ได้
การย่อยแบบไม่ใช้อากาศมี 2 ขั้นตอนย่อย มีเจ้าตัวจิ๋วที่เก่งในการสร้างกรด และสร้างก๊าซมีเทน แบ่งงานกันทำ พวกแรกยังใช้ออกซิเจนบ้าง แต่เป็นออกซิเจนในระดับน้อยๆ ทำงานกับไนเตรท พวกหลังไม่ใช้ออกซิเจนเลย ทำงานเปลี่ยนอะซิเตท ไฮโดรเจน และคาร์บอนไดออกไซด์ให้เป็นมีเทน ตัวที่จะได้ยินชื่อบ่อยๆมี 3 ตัว ได้แก่ Methanobacterium Methanobacillus และ Methanococcus
ตะกอนที่ผ่านขั้นตอนนี้ไปแล้วจะนำมาใช้เป็นอาหารสัตว์ หรือปุ๋ยได้
15 ตุลาคม 2554
