การปฏิรูประบบบริหารราชการและการจัดการศึกษา ได้หลอมรวมหน่วยงานทาง การศึกษา คือ ทบวงมหาวิทยาลัย สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาแห่งชาติ และกระทรวงศึกษาธิการ
เป็นหน่วยงานเดียวกัน เป็น กระทรวงศึกษาธิการตามโครงสร้างการบริหารราชการใหม่ โดยจัดระเบียบบริหารราชการออกเป็น ๓ ส่วน ได้แก่ (๑) การจัดระเบียบบริหารราชการในส่วนกลาง (๒) การจัดระเบียบบริหารราชการเขตพื้นที่การศึกษา และ (๓) การจัดระเบียบราชการในสถานศึกษาของรัฐที่จัดการศึกษาระดับปริญญาที่เป็นนิติบุคคล
๑. การจัดระเบียบบริหารราชการในส่วนกลางระดับกระทรวง มีบทบาทและอำนาจ
หน้าที่เกี่ยวกับการส่งเสริมและกำกับดูแลการศึกษาทุกระดับและทุกประเภท กำหนดนโยบาย แผน และมาตรฐานการศึกษา การสนับสนุนทรัพยากรเพื่อการศึกษา รวมทั้งส่งเสริมและประสานงานการศาสนา ศิลปะ วัฒนธรรม และการกีฬาเพื่อการศึกษา การติดตามตรวจสอบและประเมินผล โดยมีหัวหน้าส่วนราชการขึ้นตรงต่อรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ดังนี้
๑.๑ สำนักงานรัฐมนตรี
๑.๒ สำนักงานปลัดกระทรวงศึกษาธิการ
๑.๓ สำนักงานเลขาธิการสภาการศึกษา
๑.๔ สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน
๑.๕ สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา
๑.๖ สำนักงานคณะกรรมการการอาชีวศึกษา
๒. การจัดระเบียบบริหารราชการเขตพื้นที่การศึกษาให้จัดดังนี้
๒.๑ สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา
๒.๒ สถานศึกษาที่จัดการศึกษาขั้นพื้นฐาน หรือส่วนราชการที่เรียกชื่ออย่างอื่น
๓. การจัดระเบียบราชการในสถานศึกษาของรัฐที่จัดการศึกษาระดับปริญญาที่เป็นนิติบุคคล
ให้เป็นไปตามกฎหมายของแต่ละสถานศึกษา
