การปฏิบัติงานฝ่ายสารวัตรของด่านกักกันสัตว์ชุมพร นั้น เพื่อให้การควบคุมการเคลื่อนย้ายสัตว์-ซากสัตว์เป็นไปตามพระราชบัญญัติโรคระบาดสัตว์ พ.ศ.2499 (แก้ไขเพิ่มเติม พ.ศ.2542) เจ้าหน้าที่ด่านกักกันสัตว์ชุมพรจึงแบ่งงานการตรวจสอบการเคลื่อนย้ายออกเป็นดังนี้
1.การปฏิบัติงาน ณ ป้อมจุดตรวจ
บริเวณหน้าที่ทำการด่านกักกันสัตว์ชุมพรนั้น จะมีป้อมจุดตรวจถาวรซึ่งจะมีเจ้าหน้าที่สารวัตรของด่านฯ เข้าเวรตลอด 24 ชั่วโมง
2.การปฏิบัติบัติงานตั้งจุดตรวจ
เนื่องจากช่วงนี้พบว่ายังมีการระบาดของโรคไข้หวัดนกอยู่ เพื่อไม่ให้เกิดการแพร่ระบาดลงสู่ภาคใต้จึงต้องมีการตั้งจุดตรวจเพื่อการเฝ้าระวังโรคและป้องกันการลักลอบการเคลื่อนย้ายสัตว์-ซากสัตว์ที่ไม่ได้รับอนุญาติจากสัตวแพทย์ประจำท้องที่
3.การลาดตระเวรและการดักซุ่ม
เป็นการเฝ้าระวังการลักลอบการเคลื่อนย้ายสัตว์-ซากสัตว์ในเขตพื้นที่อื่นๆ นอกเหนือจากบริเวณที่ตั้งด่านฯ