ในการประกันคุณภาพภายในมหาวิทยาลัย ยังมีปัญหาและอุปสรรคอยู่บ้าง ซึ่งส่วนใหญ่การทำความเข้าใจเกี่ยวกับดัชนีประเมินคุณภาพภายในยังมีความสับสนอยู่ รวมทั้งตารางแบบกรอกข้อมูลตามดัชนีประเมินฯ ก็ยังมีบางหน่วยงานที่ยังไม่เข้าใจในบางส่วน หนทางหนึ่งในการแก้ปัญหาที่เกิดขึ้น คือ การพบปะพูดคุยกันระหว่างหน่วยงานภายในมหาวิทยาลัย สำนักประกันคุณภาพ มก. ได้จัดโครงการพบปะผู้บริหารเพื่อรับฟังและชี้แจงปัญหาเกี่ยวกับการประกันคุณภาพ อาจจะถือว่าเป็นการแลกเปลี่ยนเรียนรู้อีกทางหนึ่ง เป็นการรับฟังระหว่างผู้บริหาร และผู้ปฏิบัติงานประกันคุณภาพในแต่ละหน่วยงานเพื่อทราบถึงปัญหาและอุปสรรคการดำเนินงานด้านประกันคุณภาพ และมีความรู้ ความเข้าใจในดัชนีประเมินฯ และตารางแบบกรอกข้อมูลตามดัชนีประเมินคุณภาพภายในให้ดียิ่งขึ้น