มกค. มีการประเมินคุณภาพการศึกษาภายใน 3 ระดับได้แก่การประเมินระดับมหาวิทยาลัย   การประเมินระดับคณะวิชา  และการประเมินระหน่วยงาน  นำผลการประเมินทั้ง 3 ระดับมาวิเคราะห์เพื่อนำเสนอในการปรับปรุงแผนงานของปีการศึกษาต่อไป