CE15: dyeblob ในงาน fragment analysis

     ตั้งแต่เปลี่ยนน้ำยาทดสอบการตรวจพิสูจน์ดีเอ็นเอ ของ  Identifiler มาเป็น lot ใหม่ รู้สึกแปลกๆ ทั้งในเรื่องที่ต้องใช้ปริมาณดีเอ็นเอเพิ่มขึ้นจากเดิมอีกนิดหน่อย เพื่อให้ได้ความสูงของ peak ใกล้เคียงกับน้ำยา lot เก่า และ น้ำยา lot ใหม่นี้ มี dyeblob มากกว่าน้ำยา lot เก่าค่อนข้างมาก

     Dyeblob มันคือตะกอนสีฟลูออเรสเซนต์ ซึ่งในขั้นตอนการติดฉลาก เอาตัวสีฟลูออเรสเซนต์เข้าไปติดกับ primer นั้น เมื่อติดฉลากเสร็จจะต้องมีขั้นตอนการ clean up หรือจะเรียกว่า purification ก็ได้ ซึ่งเป็นขั้นตอนที่กำจัดเอาตะกอนสีที่ไม่ได้ติดฉลากกับ primer ออกให้หมด ในขั้นตอนนี้ หากกำจัดเอาตะกอนสีออกไม่หมด ก็จะติดเจ้า dyeblob นี้เข้ามาในน้ำยาทดสอบครับ

     หน้าตาของเจ้า dyeblob ก็คือ peak ของสัญญาณฟลูออเรสเซนต์ แต่มีลักษณะจำเพาะ คือ

     1. มีตำแหน่งคงที่ ในทุกตัวอย่างตรวจ เพราะฉะนั้น เมื่อปรากฎเจ้า dyeblob นี้ที่ตำแหน่งไหน หรือสีไหน มันก็จะอยู่ตรงนั้นแหละ ไม่เลื่อนไปอยู่ที่อื่น แล้วจะอยู่ตรงนั้นในทุกตัวอย่าง ไปจนกว่าน้ำยา lot นี้จะใช้หมดไป

     2. ตำแหน่งของ dyeblob มักจะเป็น OL (off-ladder) คือไม่ตรงกับ bin  (สีเทาด้านหลัง) แต่อาจมีบ้างที่มีตำแหน่งตรงกับ bin โดยบังเอิญ แต่มักเป็นส่วนน้อยครับ

     3. peak จะมีลักษณะ ไม่เหมือนกับ true peak ของสัญญาณ fragment analysis  ต้องดูเปรียบเทียบกันเองครับถึงจะบอกได้ว่ามันไม่เหมือนกันจริงๆ แต่ถ้าให้บอกคร่าวๆ คือ มันไม่มีไหล่ แล้วฐานก็จะกว้างกว่า true peak ครับ

     4. ถ้าอยากรู้ว่า peak ที่เห็นเป็น dyeblob หรือเปล่า ก็ลองเอา negative control (ใส่น้ำกลั่นแทนตัวอย่างตรวจ) มาทำการทดสอบให้เหมือนกับทำตัวอย่าวตรวจครับ หากยังมี peak อยู่ตรงตำแหน่งเดิม ก็ให้มั่นใจได้เลยครับ ว่าเจอของจริงแล้ว

     เอาล่ะ ลองดูหน้าตาของเจ้า dyeblob กันนะครับ

     จากรูปกราฟข้างล่าง 4 รูป เจ้า dyeblob มีความสูงใกล้เคียงกันครับ แต่ที่เห็นว่ามีความสูงต่างกัน เป็นเพราะ ในแนวแกน Y ใช้ scale ต่างกันครับ แล้วภาพข้างล่างนี้ มี dyeblob ทั้งหมด  7 ที่ครับ ในที่นี้ผม highlight สีไว้ที่ peak ของ dyeblob ครับ เป็น dyeblob สีน้ำเงิน  1 ตำแหน่ง สีเขียว  3 ตำแหน่ง และสีเหลือง  (ในภาพเป็นสีดำ) อีก  3 ตำแหน่งครับ

     ภาพข้างล่างนี้ มองเห็นลักษณะ peak ของ dyeblob ว่ามีความแตกต่างจาก true peak ได้ชัดเจนครับ กล่าวคือ ฐานของ dyeblob จะกว้างกว่า และ ไม่มี ไหล่ของ peak

      ในภาพข้างล่าง dyeblob สีน้ำเงิน มีตำแหน่งเป็น OL 

     dyeblob สีเขียวทั้งสองตัว มีตำแหน่งเป็น OL ทั้งสองตำแหน่ง

     dyeblob สีเหลือง (ในที่นี้คือสีดำ) มีตำแหน่งตรงกับ bin 15 ของ vWA

     เวลาเจอปัญหาจาก  dyeblob หากยังจำเป็นต้องใช้น้ำยา lot นั้น เราอาจต้องเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอให้มากขึ้นกว่าเดิมนิดหน่อย เพื่อให้ true peak มีความสูงมากขึ้น และค่า true peak ต้องสูงมากกว่าความสูงของ dyeblob peak  เราจึงจะแยกความแตกต่างจาก true peak ออกจาก dyeblob peak ได้ชัดเจนครับ หากความสูงของ peak ใกล้เคียงกัน บางครั้งเป็นเรื่องยากครับที่จะแยกว่า เจ้า dyeblob นั้น เป็น dyeblob หรือ ว่า true peak ที่บังเอิญไปมีตำแหน่งตรงกับ dyeblob โดยบังเอิญ

     ว่าไปแล้ว dyeblob เป็นปัญหาที่เกิดจากการผลิตน้ำยาของบริษัทครับ ไม่ใช่ปัญหาที่เกิดขึ้นที่ห้องแล็บ ในส่วนของห้องแล็บที่ทำได้คือ หากต้องการใช้น้ำยานี้ต่อไป ก็ต้องทำใจว่าจะมองเห็น dyeblob ในทุกตัวอย่าง แล้วต้องเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอให้มากขึ้น เพื่อให้มี true peak ที่มีความสูงมากกว่า dyeblob peak ให้ได้ชัดเจนครับ