ชีวิตนักศึกษาปริญญาเอก
เมื่อวานทั้งวัน ตั้งแต่เช้ายันมืด นั่งอยู่หน้าเครื่องคอมพิวเตอร์ตลอด เพื่อเรียนรู้การใช้โปรแกรมในการทำ alignmnet DNA sequence ด้วยโปรแกรม SeqScape ver 2.1 ซึ่งมากับเครื่อง sequencer ของ ABI ที่จริงคนแถวนี้เขาไม่ค่อยจะได้ใช้โปรแกรมนี้สักเท่าไหร่ ส่วนใหญ่เขาก็ใช้เพราะเอาเข้ามาดูอะไรเล็กๆ น้อยๆ แล้วก็เอาไปใช้ต่อในโปรแกรม Mega 3.1 แต่ของผมนี่ต้องเอา DNA ที่ทำไว้เมื่อคราวก่อน มาแก้ลำดับ base ให้ถูกต้องก่อน เนื่องจาก signal ที่ได้จากเครื่องไม่ค่อยดี (เพิ่งมารู้เมื่อวันนี้เอง เนื่องจาก sensei บอกว่าเมื่อก่อนเขาประหยัดน้ำยากัน ก็เลยไม่ค่อยได้เปลี่ยนอะไรมากนัก ของที่พอใช้ได้ ก็ใช้ไป ปรากฎว่า ช่วงนั้น ทำกันออกบ้างไม่ออกบ้าง พอเลิกประหยัดน้ำยา ปรากฎว่า แล็บออกกันดี รวมๆ หมดแล้ว ไม่รู้ว่าการประหยัดน้ำยานั้น เป็นการประหยัดจริงหรือเปล่า เพราะถ้านับรวมการทำซ้ำตัวอย่างตรวจใหม่ ก็น่าจะขาดทุนอักไขอยู่ รวมๆ น่าจะเป็นว่าการดูแลบำรุงรักษาเครื่องตามกำหนดระยะเวลา อะไรต้องเปลี่ยนก็เปลี่ยน ไม่ต้องไปทนทู่ซี้ใช้ น่าจะทำให้ในภาพรวมเกิดความประหยัดสูงสุด เพราะการหาลำดับเบสด้วยเครื่อง sequencer แต่ละ reaction มีราคาแพง แล้วอย่างผมวันนี้ทำทั้งหมด 40 ตัวอย่าง ก็นับรวมเป็น 80 reaction อย่างเหนาะๆ ก็เกือบ 2 หมื่นบาทแล้ว ซึ่งเป็นการทำซ้ำจากคราวที่แล้ว) ถึงว่า ว่าทำไมคราวก่อนเจ้าเด็กๆแถวนี้ถึงบ่นกันนักว่า ผลแล็บไม่ค่อยสวย ส่วนไอ้เจ้า seqscape อาจเป็นเพราะผมไม่ค่อยคุ้นเคย ก็เลยต้อง download เอา manual มานั่งอ่านเล่น แล้วมันก็อ่านยากเสียด้วยซิ ยังไม่ค่อยเข้าใจสักเท่าไหร่ แม้ว่าสาวม้อย คนดีที่หนึ่ง จะอธิบายวิธีใช้คร่าวๆไว้บ้างแต่ผมคงเป็นเด็กดื้อสักหน่อย แถมดื้อแล้วยังไม่ค่อยจะจำอีก สุดท้ายต้องลองเล่นเอง ทำเอง ทำกับของจริง แก้ลำดับเบสไปด้วย ศึกษาไปด้วย ผ่านไป 1 วัน เริ่มพอเข้าใจมันบ้างแล้ว พอจะคบเป็นเพื่อนได้แล้วแม้จะยังไม่สนิทก็ตาม แต่ 3 เดือนที่นี่ สงสัยว่าน่าจะมีเพื่อนสนิท ชื่อว่า SeqScape บ้างแล้ว
จากความที่ signal ไม่ค่อยดี ประกอบกับความเสียดายก็เลยพยายาม แก้ไขโดยปรับค่า filter เพื่อให้เครื่องสามารถ assemble ข้อมูลออกมาเป็น concensus sequence จนสุดท้ายก็ได้ออกมาทั้งหมด แต่พอเริ่มการ edit ลำดับเบสก็พบว่า มีเบสตัวแปลกๆ เนื่องจาก signal ไม่ดีมากเสียเหลือเกิน นั่งทำทั้งวัน ก็ไปได้ไม่ถึงไหน สุดท้ายตัดใจ หากต้องทำต่อไป ก็น่าจะเป็นสาเหตุให้เกิดปัญหากวนใจต่อไปแน่ เนื่องจากการนำผลนี้ไปใช้ ก็เลยไปขอ sensei ทำซ้ำ รายที่มีปัญหาทั้งหมด 40 รายจาก 100 ราย ที่ได้ทำไปแล้วเมื่อคราวก่อน sensei ก็ไม่ว่าอะไร ให้ไปเอาของมาเริ่มทำงานได้ เช้าวันนี้มี seminar หลังจากฟัง seminar ก็เริ่มต้น ค่อยๆ recall memory ย้อนกลับไปดูบันทึก ว่าเคยจดอะไรไว้บ้าง แล้วก็เริ่มทำแล็บ จนถึงตอนนี้ คนเราหากไม่ค่อยได้ทำแล็บนี้ พอกลับมาทำใหม่ มันรู้สึกแปลกๆ ยังไงก็ไม่รู้ เดี่ยวต้อง clean up DNA sequence Reaction ก่อน แล้วค่อยนำไปใส่เครื่อง ถึงจะได้กลับไปนอน ปล่อยให้เครื่องทำงานไป พรุ่งนี้ค่อยมาดูว่ามีปัญหาอะไรหรือเปล่า
เหนื่อยสุดๆ กับการทำงาน วันนี้ยังไม่เท่าไหร่ แต่เมื่อวานนั่นซิ รู้สึกปวดหัวตึ๊บๆ เดินไม่ตรงทางเลย กลับไปนอนแช่น้ำอุ่นสัก 20 นาที รู้สึกดีขึ้นมาบ้าง ได้นอนสักพัก ค่อยยังชั่ว วันนี้ก็เลยขอมาทำแล็บก่อน แล้วค่อยหาเวลาอารมณ์ดีๆ ไปเล่นกับเจ้า seqscape ใหม่ งานที่รออีกตัวหนึ่งก็คือเจ้า Mega 3.1 sensei บอกให้ไปหาหนังสือมาอ่านด้วย โดยเฉพาะกับเจ้าพวกที่เกี่ยวข้องกับ Phylogenetic tree ทั้งหลายแหล่ ท่าทางงานนี้จะเป็นหินทั้งก้อนอีกงานแล้วล่ะ
เหนื่อยนะ.....แต่ก็พักไม่ได้ ......เฮ้อ!
ความเห็น (15)
มาร่วมเป็นกำลังใจให้คะ...
sensei ว่างัยว่าตามเลยคะ...ป.เอก ที่ มข.หลักสูตรที่กะปุ๋มเรียนก็ใช้ระบบแบบญี่ปุ่นคะ...เราจึงค่อนข้างทำงานหนักพอสมควร...
สู้ๆๆ ....นะคะ
*^__^*
กะปุ๋ม
- มาเป็นกำลังใจครับ
- รายงานข่าวระเบิดที่หาดใหญ่
- เสียชีวิต บาดเจ็บ 40 คนครับ
- เสียชีวิต 4 ครับ พิมพ์ตกครับผม
เช้านี้ตื่นขึ้นมา พบกับกำลังใจอันแสนอบอุ่นจาก g2kขอบคุณครับที่ช่วยเป็นกำลังใจให้ ทั้ง
- อาจารย์ปารมี ที่คอยให้กำลังใจเสมอ
- คุณกะปุ๋ม ...แม้จะไม่เคยรู้จักอย่างเป็นทางการแต่ก็เหมือนคนคุ้นเคย
- ครูอ้อย....ได้แต่อ่านผ่านทางบล็อกภาษาอังกฤษ
- เจ้านิดหน่อย ....เห็นแล้วอยากกินจัง อยากได้แก้วบน ผสมกับเจ้าสองขาจากแก้วล่าง
- คุณขจิต....ที่นับวันก็อยากจะเห็นตัวเป็นๆสักที
เมื่อคืนจับลงเครื่องไปแล้วครับ ได้กลับบ้านตอนเที่ยงคืนพอดี วันนี้ตอนเที่ยงๆ ก็คงเสร็จ กะว่าเช้านี้ จัดการกองเสื้อผ้าให้เรียบร้อย ก่อน แล้วค่อยแวะไปดู
คุณขจิตน่ารัก...คะ เป็นมิตรที่ดีมากเลย...กะปุ๋มมา conferm ...หากคุณ Mitochondria ได้เจอจะไม่ผิดหวังคะ...บุคลิกกับการสื่อสารผ่าน...อักษรนี้ตัวตนเดียวกันเลยคะ...
555....แวะมาแอบเมาท์ คุณขจิต คะ...อิอิ
*^__^*
กะปุ๋ม
มาแวะให้กำลังใจครับ เพระผ่านมาแล้ว และก็คิดว่าพี่ทำได้อยู่แล้ว กลับมาจะได้ใช้เครื่องของเราเอง ถ้าโชคดีได้เครื่องนะครับ (Cross finger to us).
mitochondria
- คุณกะปุ๋มครับ ถ้ายังไม่ได้จับตัวเป็นๆของคุณขจิต ยังไงก็ยังไม่เชื่อครับ รอให้ได้จับก่อนแล้วค่อยเชื่อ
- ขอบคุณครับอาจารย์พรพรต ผมก็หวังเหมือนกันว่าวันหนึ่งเครื่อง sequencer จะหล่นลงมาจากฟ้าให้ได้ใช้บ้าง
คุณ ไมโต คะ ลองเรียนเชิญเข้าไปอ่านที่นี่ค่ะ
ครูอ้อยก็ไม่เคยว่างเว้นจากการทำงานและเรียนเลยค่ะ เห็นใจมากเลยค่ะ แต่ส่งใจไปช่วยกันและกันนะคะ
ขอมาเตือนว่าอย่าเชื่อ SeqScape มากนักนะคะ พี่เคยเจอมาแล้วว่า เขาอ่าน signal ออกมาแปลกๆ ต้องอย่าลืมเช็คกับตัว sequence base จริงๆด้วย ถ้าจะให้ดี ลองอ่านผลของแต่ละ sequence ที่ได้จาก ABI ด้วยโปรแกรม Chromas (โปรแกรมฟรีๆบนเว็บเกี่ยวกับพวกนี้แหละค่ะ) ดูก่อนก็ดีนะคะ ยิ่งเป็นพวกที่ผลออกมา peak ไม่ค่อยสวย SeqScape ยิ่งไม่ค่อยชอบ
ตัว setting ต่างๆของโปรแกรม SeqScape มันมีเยอะนะคะ set ผิดนิดเดียว เป็นเมาเลยล่ะค่ะ
หายไปทางใต้ของญี่ปุ่น มา สามวัน เพิ่งกลับมาวันนี้เอง ยังไม่ได้ไปดูเจ้า SeqScape ใหม่เลย ขอบคุณมากครับพี่โอ๋ ที่ช่วยเตือนให้ระวัง ตอนนี้เริ่มคุ้นกับมันบ้างแล้ว แต่มันก็เป็นเด็กดื้อพอสมควร รวมๆ หมดแล้วคงต้องหาโปรแกรมหลายๆตัวมาเรียนรู้ ทั้งในเรื่องการแก้ไขลำดับเบส และการทำ phylogenetic tree และ การคำนวณ molecular time clock พี่โอ๋มีอะไรจะแนะนำบ้างมั้ยครับ
- มาแอบฟัง Ka-poom mouth ครับ ปกติผมเป็นคนเคร่งขรึม แต่ชอบทำให้ทุกคนหัวเราะ มีความสุขดีครับ
- ขอบคุณทั้งสองท่านมากครับ
กำลังจะลองใช้ SeqScape เหมือนกันค่ะ ท่าจะยาก