Protocol การทำความสะอาด PCR product โดยการกรองแบบใช้ plate

วิธีนี้เป็นการกรองทำความสะอาด PCR product ก่อนที่จะนำไป amplify ด้วย Big Dye โดยใช้ผลิตภัณฑ์ของ Millipore Life Science Kit Genomics ชื่อ Multiscreen PCR Cat No LSKMPCR50

มีลักษณะเป็น plate สีม่วง ด้านล่างเป็น membrane สีขาว มี 96 wells

ขั้นตอนการทำ

     1. เติม DW 80 ul ลงไปในหลอด หรือ plate ที่มี  PCR product ประมาณ 20 ul  (Total volume 100 ul ปรับปริมาตรน้ำกลั่นให้เหมาะสมกับ PCR product เช่น DW 90 ul + PCR product 10 ul)

     3. ผสมให้เข้ากันโดยการใช้ autopipette ดูดขึ้นลงประมาณ 10 ครั้ง แล้วดูดใส่ plate สีม่วง

     4. นำไป suction ที่ความแรง 10-20 in Hg ประมาณ 7-12นาที จนแห้งสนิท เอากระดาษทิชชูซับน้ำด้านล่างของ plate

     5. เติม DW 100 ul

     6. นำไป suction อีกครั้งให้แห้งสนิท

     7. เติม DW 20 ul ดูดขึ้นลงประมาณ 20 ครั้ง พยายามอย่าให้เป็นฟอง

     8. ดูดถ่ายลงใน plate หรือ tube เพื่อเอาไปทำ Reaction for sequencing

วิธีนี้เป็นการกรองเพื่อทำความสะอาด ทำให้ปราศจากการปนเปื้อนสารเคมี ทำได้สะดวก คราวละมากๆ (96 ตัวอย่าง) สะดวก รวดเร็ว ไม่ต้องการเครื่องมือราคาแพง

 

ข้อเสีย ของวิธีนี้ คือ

• หลังล้างแล้ว เมื่อเติม DW  20 ul เข้าไปละลาย DNA แล้วดูดกลับขึ้นมา ปริมาตรมักจะหายไปพอสมควร (มักได้ประมาณ 10-15 ul) ดังนั้นควรเติม DW ลงไปให้เหมาะสมกับปริมาตรที่ต้องการนำไปใช้ หรือไม่ก็ใช้วิธีการปั่น ซึ่งจะให้ปริมาตรหลังการทำความสะอาดที่ไม่แตกต่างไปจากเดิมมากนัก