ฝ่ายกฎหมาย ก่อตั้งขึ้นในปีพุทธศักราช 2544 เดิมเป็นหน่วยงานในสังกัดงานการเจ้าหน้าที่ กองกลาง สำนักงาน อธิการบดี มีหน้าที่ดำเนินการให้บริการแก่บุคลากรในด้านกฎหมาย การดำเนินการสอบสวน พิจารณา วินัย อุทธรณ์ และ ร้องทุกข์ของมหาวิทยาลัย รวมทั้งหน้าที่อื่นๆที่ท่านอธิการบดีมอบหมาย
          แต่ตลอดระยะเวลาที่ผ่านมาพบว่า การปฏิบัติงานขาดความอิสระคล่องตัวในการเสนองานซึ่งจะต้องเสนอผ่านผู้บังคับบัญชาหลายชั้น ทำให้การปฏิบัติงานเกิดความล่าช้า ดังนั้น ท่านอธิการบดีในสมัยนั้น (รองศาสตราจารย์ ดร.มณฑล  สงวนเสริมศรี) พิจารณาแล้วเห็นว่าการปฏิบัติงานของนิติกรควรขึ้นตรงต่ออธิการบดี ดังเช่นหน่วยตรวจสอบภายใน จึงได้มีบัญชาให้ผู้ที่เกี่ยวข้องจัดทำร่างโครงการจัดตั้งหน่วยกฎหมาย (Law office ) ขึ้น เพื่อเสนอคณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัยพิจารณา
          คณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัย ในคราวประชุมครั้งที่ 6/ 2544 เมื่อวันที่ 14 กุมภาพันธ์ 2544 ได้มีมติให้ความเห็นชอบโครงการจัดตั้งหน่วยกฎหมายของมหาวิทยาลัยเป็นหน่วยงานภายใน  โดยให้การปฏิบัติงานของนิติกรขึ้นตรงต่ออธิการบดีและต่อมา มหาวิทยาลัยได้มีคำสั่งที่ 284 / 2544 ลงวันที่ 19 กุมภาพันธ์ 2544 แต่งตั้งให้ นายทัศนะ ศรีปัตตา นายชินวัฒน์ สิงหะ และนายคมสัน เหลืองทองคำ เป็นนิติกรประจำหน่วยกฎหมาย พร้อมทั้งแต่งตั้งให้ นายทัศนะ ศรีปัตตา นิติกร ระดับ 6 เป็นหัวหน้าหน่วยกฎหมาย
          ต่อมาสภามหาวิทยาลัยนเรศวรในคราวประชุมครั้งที่ 109 (5 / 2546) เมื่อวันที่ 27 กันยายน 2546 อนุมัติการจัดตั้งหน่วยกฎหมาย เป็นหน่วยงานสังกัดสำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยนเรศวร ตั้งแต่วันที่ 1ตุลาคม 2546 เป็นต้นมา
          จากนั้น เมื่อวันที่ 28 กุมภาพันธ์ 2552 สภามหาวิทยาลัยในคราวประชุม ครั้งที่ 143(3/2552) ได้มีมติให้จัดตั้งสำนักงานสภามหาวิทยาลัยนเรศวร เป็นส่วนงานภายในมหาวิทยาลัยนเรศวร มีฐานะเทียบเท่าสำนักงานอธิการบดี โดยได้มีการยกฐานะของหน่วยกฎหมาย เป็น ฝ่ายกฎหมาย ซึ่งมีฐานะเทียบเท่ากอง เป็นส่วนงานหนึ่งในสำนักงานสภามหาวิทยาลัยนเรศวร